| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,383,383 | T→C | *432* (TAA→TAG) | menF ← | isochorismate synthase MenF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,383,383 | 0 | T | C | 99.4% | 1749.5 / NA | 510 | *432* (TAA→TAG) | menF | isochorismate synthase MenF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (303/204); minor base A (1/2); total (304/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 526 total aligned reads displayed.
TTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCTGAGC > NZ_CP025268/2383247‑2383519 | ccAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTTCGGATAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTc > 2:6565590/1‑140 (MQ=255) gactGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTCCAt < 1:6411283/137‑1 (MQ=255) gAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTCCAt < 1:4999100/140‑1 (MQ=255) gAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTACTATTCCAt < 2:6372491/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGACTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAAttttt > 1:4220061/1‑140 (MQ=255) aCTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGc > 2:7442619/1‑140 (MQ=255) aCTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGc > 1:3176228/1‑140 (MQ=255) aCTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGc > 1:118987/1‑140 (MQ=255) aCTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTAGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACCTTGCCGCTAATGTTTGc > 1:6809742/1‑140 (MQ=255) cTCCTTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCt < 2:7208764/140‑1 (MQ=255) cTCATTACTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCt < 1:2483296/140‑1 (MQ=255) cTCATTACTATTCCATTCGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCt < 1:8460558/140‑1 (MQ=255) ttactattCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCGGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGACACTCTTGCTCGGGGACGGAACCACGGACAATGCCCGCGGCAGCATATACTAGCAAGACATTGCCGCTCAGTTTTGCTGAgc > 2:2659826/1‑140 (MQ=255) ttactattCCATTTGTAATAAAGAACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCTGAgc > 2:1596968/1‑140 (MQ=255) | TTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCAGCATATAATCGCACGACATTGCCGCTAATTTTTGCTGAGC > NZ_CP025268/2383247‑2383519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |