| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,649,037 | T→C | *771* (TAA→TAG) | pbpC ← | peptidoglycan glycosyltransferase PbpC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 2,649,037 | 0 | T | C | 99.2% | 1255.8 / NA | 372 | *771* (TAA→TAG) | pbpC | peptidoglycan glycosyltransferase PbpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (227/141); minor base A (3/0); total (231/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
TAAATTGTTCTGTTGTTGTCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGATTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGAAACCAC > NZ_CP025268/2648900‑2649172 | ttCTGTTGTTGTCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATg < 2:4971602/140‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTTGTCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATg > 1:4160258/1‑140 (MQ=255) tCTGTTGTTGTCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGa < 1:2014751/140‑1 (MQ=255) ttgttgtCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGACTATTGCATGACaaa > 2:7091904/1‑140 (MQ=255) 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gggACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTc > 1:7359941/1‑140 (MQ=255) ggACAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCa < 1:3042983/140‑1 (MQ=255) aCAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGa < 1:1541960/140‑1 (MQ=255) cAAAACAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGaa > 1:2913642/1‑140 (MQ=255) aaaaCAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGaaa > 1:9343886/1‑140 (MQ=255) aaCAGACTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATACTCACCTTTATCCGTCAAATGCCGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGAAacc > 2:4857043/1‑140 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TAAATTGTTCTGTTGTTGTCTGTACCAGCGTACGAGATGGCGCGGATTATAATGAGCAACAGGGCCGTTGACTATTGATGAAGGTAACATTTTTTTAAAATAAAATGAGTTTTAGCAACAATCAGGGACAAAACAGATTATTGCATGACAAATTTCACTGTCGCGATTTGCCCCACGTCATCCATCACCAGCAATTGATAATCACCTTTATCCGTCAAATGCAGGGTCACGTTGCGCCCGCGTTCAGTTAACGGTTCGCCATTCAGAAACCAC > NZ_CP025268/2648900‑2649172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |