| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,689,934 | A→G | T26A (ACC→GCC) | hmpA → | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,689,934 | 0 | A | G | 99.6% | 1766.4 / ‑4.9 | 506 | T26A (ACC→GCC) | hmpA | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (290/214); minor base T (1/1); total (291/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 512 total aligned reads displayed.
GGCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCACCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCT > NZ_CP025268/2689797‑2690070 | ggCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAaccgcc > 1:8878320/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 2:5958493/140‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 2:3331750/140‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAACATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCGccc < 1:6659560/140‑1 (MQ=255) 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gtggAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGACTa > 1:4312430/1‑140 (MQ=255) tggAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTAc > 2:6939632/1‑140 (MQ=255) tggAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTAc > 2:5032206/1‑140 (MQ=255) tggAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACAGGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTAc > 1:7995742/1‑140 (MQ=255) gAAACGGGGCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGc > 2:8697862/1‑140 (MQ=255) ggggCCAAAGTTAACCGCCCACTTCAACGACCGTATGTTTACTCATCACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTa < 1:7789030/140‑1 (MQ=255) gggCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTaa < 2:8439733/140‑1 (MQ=255) gggCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTaa < 1:2297490/140‑1 (MQ=255) ggCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGTAATTTTTAAGATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTGATCGCTATTGCCGCGTACGccgggagt > 1:6985321/1‑134 (MQ=255) ggCCAAAGTTAACCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAat > 1:8507800/1‑140 (MQ=255) aaCCGCCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAAcc > 1:4019966/1‑140 (MQ=255) | GGCTATTTTTTATAAGATGCATTTGAGATACATCAATTAAGATGCAAAAAAAGGAAGACCATATGCTTGACGCTCAAACCATCGCTACAGTAAAAGCCACCATCCCTTTACTGGTGGAAACGGGGCCAAAGTTAACCACCCATTTCTACGACCGTATGTTTACTCATAACCCAGAACTCAAAGAAATTTTTAACATGAGTAACCAGCGTAATGGCGATCAACGTGAAGCCCTGTTTAACGCTATTGCCGCCTACGCCAGTAATATTGAAAACCT > NZ_CP025268/2689797‑2690070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |