| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,717,592 | C→T | R225W (CGG→TGG) | srmB → | ATP‑dependent RNA helicase SrmB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,717,592 | 0 | C | T | 99.2% | 1794.1 / NA | 476 | R225W (CGG→TGG) | srmB | ATP‑dependent RNA helicase SrmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); major base T (249/219); minor base G (1/3); total (250/226) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 476 total aligned reads displayed.
GCTGGCGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGCGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTGCG > NZ_CP025268/2717455‑2717725 | cGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTa > 1:9429175/1‑140 (MQ=255) gACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCg < 1:1005794/140‑1 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga < 1:7139421/140‑1 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 1:8625950/1‑140 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 1:6859856/1‑140 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 2:5509019/1‑140 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 2:6785201/1‑140 (MQ=255) aCCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCga > 2:1335161/1‑140 (MQ=255) cccTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCgat < 2:3112834/140‑1 (MQ=255) cccTGCTCTTTTCGCCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCgat > 2:3887608/1‑140 (MQ=255) gCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATc < 2:8037580/140‑1 (MQ=255) gCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGAATCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGACGATGATc > 2:4125817/1‑140 (MQ=255) ctctTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCt > 1:2725588/1‑140 (MQ=255) ctctTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCt > 1:6648515/1‑140 (MQ=255) ctctTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCt > 2:8817001/1‑140 (MQ=255) tctTTTCGTCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTATGCCGAGCGTCAGCTCGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCACTGGTATTACCGCGCCGATGAGCtt < 2:1005208/140‑1 (MQ=255) ctTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTg > 1:8995238/1‑140 (MQ=255) tttCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAg > 2:6881953/1‑140 (MQ=255) tttCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAg > 2:4746609/1‑140 (MQ=255) tttCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTGCTGCCAATCCCGCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCAGCCGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAg > 2:2172924/1‑140 (MQ=255) tCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCa < 2:5633105/140‑1 (MQ=255) cAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATaaa > 2:4465133/1‑140 (MQ=255) cGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAAcc > 1:2455537/1‑140 (MQ=255) cGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCACTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAAcc > 2:3993839/1‑140 (MQ=255) tGGAAGGCGATGCGATTCTGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGTAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACcgcg < 2:8934269/140‑1 (MQ=255) tGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACcgcg < 1:5065560/140‑1 (MQ=255) aGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGc < 2:6511201/140‑1 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1:3370107/140‑1 (MQ=255) gcgatTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCa < 1:8472826/140‑1 (MQ=255) gcgatTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCa < 2:2987687/140‑1 (MQ=255) gACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTaaa < 2:4182924/140‑1 (MQ=255) gACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTaaa > 1:2136397/1‑140 (MQ=255) gACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTaaa < 1:7814248/140‑1 (MQ=255) 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ctgGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCg < 2:5354422/140‑1 (MQ=255) gAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGGTGCTGGTGCATCTGTTAAAACTGCCGGAAGCGACCCGCTc > 1:8202576/1‑140 (MQ=255) aGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCaa < 1:1181586/140‑1 (MQ=255) gATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAAt > 1:4149405/1‑140 (MQ=255) cGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATtgtg > 2:6573705/1‑140 (MQ=255) ggTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCGCAATTgtgt > 1:8730202/1‑140 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tttCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 2:2912577/140‑1 (MQ=255) tttCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 1:3996208/140‑1 (MQ=255) tttCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGGTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 2:3285432/140‑1 (MQ=255) tttCTGCCAATCACTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 1:5954353/140‑1 (MQ=255) tgtCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTGAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 2:6336939/138‑1 (MQ=255) attCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCAGCAGCGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGt < 1:6219218/139‑1 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1:3852500/1‑140 (MQ=255) ccTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATACATCAGTGGTATTCCCGCGCCGATGATCTTGAGCATAACACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAACACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAagcgtgagcgt < 2:3685643/140‑1 (MQ=255) cTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAagcgtgagcgtg < 1:7684535/140‑1 (MQ=255) ccACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCTTCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGtgtg < 1:1570082/140‑1 (MQ=255) cACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGc > 1:4410658/1‑140 (MQ=255) cACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGc > 2:430138/1‑140 (MQ=255) aCCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCa < 2:1249203/140‑1 (MQ=255) gTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAATACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAg > 2:2487051/1‑140 (MQ=255) tGAGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAagcgtga < 2:8188999/126‑1 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGTTATTACCGCGCCGATTATCTTGAGCATAAAAACGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 2:3476351/1‑140 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 2:7772547/1‑140 (MQ=255) aGCGCAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTg > 2:918074/1‑140 (MQ=255) cgcAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGc > 1:6954356/1‑140 (MQ=255) cAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCt > 1:5595276/1‑95 (MQ=255) cAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCaa > 2:5037850/1‑140 (MQ=255) cAAAAAAATTCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCaa > 1:798627/1‑140 (MQ=255) ttCATCAGTGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTg > 1:5428659/1‑140 (MQ=255) | GCTGGCGTAAACAGACCCTGCTCTTTTCGGCAACGCTGGAAGGCGATGCGATTCAGGACTTTGCCGAGCGTCTGCTGGAAGATCCGGTGGAAGTTTCTGCCAATCCCTCCACCCGTGAGCGCAAAAAAATTCATCAGCGGTATTACCGCGCCGATGATCTTGAGCATAAAACCGCGTTGCTGGTGCATCTGTTAAAACAGCCGGAAGCGACCCGCTCAATTGTGTTTGTGCGTAAGCGTGAGCGTGTGCATGAGCTGGCAAACTGGCTGCG > NZ_CP025268/2717455‑2717725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |