| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,773,510 | A→G | *274* (TAA→TAG) | yfjQ → | DUF932 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,773,510 | 0 | A | G | 99.8% | 2069.9 / NA | 596 | *274* (TAA→TAG) | yfjQ | DUF932 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (303/292); minor base T (0/1); total (303/293) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 596 total aligned reads displayed.
TTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTC > NZ_CP025268/2773374‑2773644 | cGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATg < 1:7065673/140‑1 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 1:401275/1‑140 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 1:9229905/1‑140 (MQ=255) gACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGtt > 2:6541560/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCtttt > 1:6831200/1‑140 (MQ=255) aaaCACTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTATCCCCCGTTACATCTGGCTTTTg > 2:4367562/1‑140 (MQ=255) cTGCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGaa < 2:2160007/140‑1 (MQ=255) gCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTATCCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGaagt > 1:4877307/1‑138 (MQ=255) gCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAAt > 1:2353581/1‑140 (MQ=255) gCTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTGATAGCTGTTAACCCCCGTTTCTTCTGGCTGTTGCAGAAAt > 2:3407305/1‑140 (MQ=37) cTCACGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAatat < 2:7446343/46‑1 (MQ=255) aCGCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATaaaa < 1:7271097/140‑1 (MQ=255) gCAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATaaaaaa < 1:4785514/140‑1 (MQ=255) cAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAAt < 1:6100575/140‑1 (MQ=255) cAACTGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAAt < 1:6612319/140‑1 (MQ=255) tGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGtt > 1:9409093/1‑140 (MQ=255) tGCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAAGCCCCCGGGGAGCGCTTTTACCCCCCGGTACATCTGGCTTATGCGGAACTGAACAAtgggg > 2:3063391/1‑136 (MQ=25) gCAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGttt < 1:2697292/140‑1 (MQ=255) cAGTAGACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTc < 2:7173247/140‑1 (MQ=255) | TTAAGGGCGGACTCAGTGGGCGTAATGCTAAAGGCGGACGAACTCATACTCGTGCCGTGCGTGGCATTGACGGGGATGTGAAGCTTAACCGTGCGCTGTGGGTGATGGCAGAAACACTGCTCACGCAACTGCAGTAAACGTTTCATGTTGCCACGTTGTTAATATCGGACACCACCTGTCCGCATCGCTATGTGCTCGTGTGCCTCAATCCCCCGGTTATAGCTTTTAACCCCCGTTACATCTGGCTTTTGCAGAAATAAAAAATAGTTTC > NZ_CP025268/2773374‑2773644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |