Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,985,593 | T→C | *279* (TAA→TAG) | kduI ← | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,985,593 | 0 | T | C | 99.7% | 2181.0 / NA | 633 | *279* (TAA→TAG) | kduI | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (331/299); minor base A (2/0); total (334/299) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 633 total aligned reads displayed.
GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 | cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCaaa > 1:2322613/1‑140 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATc > 1:9290190/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCttt < 1:2119893/140‑1 (MQ=255) ttGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCttt < 2:1790123/140‑1 (MQ=255) gcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACg < 2:8030565/140‑1 (MQ=255) ccAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACgg < 2:7142654/140‑1 (MQ=255) ccAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACgg > 1:2981333/1‑140 (MQ=255) aGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGcc > 1:1336365/1‑140 (MQ=255) gCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCTCTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCca > 1:568317/1‑140 (MQ=255) ccccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACCATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcac < 1:5161718/140‑1 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aTCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCata > 2:8651220/1‑140 (MQ=255) tCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTCAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACAGGGTCCatat > 1:7782211/1‑140 (MQ=255) tCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCatat > 2:6819673/1‑140 (MQ=255) tCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCatat > 1:3366228/1‑140 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATAtcatca > 1:4410983/1‑140 (MQ=255) tGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATAtcatca > 1:3287197/1‑140 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aGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCAt > 1:1602527/1‑140 (MQ=255) aGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCAt > 1:3120509/1‑140 (MQ=255) aGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGACACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCTCCGACCAt > 2:6161185/1‑140 (MQ=255) gTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATg > 1:9462160/1‑140 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGc > 1:4943300/1‑140 (MQ=255) tGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGc > 1:8899276/1‑140 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tACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGc < 1:2435432/140‑1 (MQ=255) tACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGc > 1:476472/1‑140 (MQ=255) ccTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTc > 1:4662366/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 1:8240871/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg < 2:8499933/140‑1 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg < 2:4462533/140‑1 (MQ=255) aTTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTGAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCgggg < 1:1153364/140‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:5389832/41‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgag > 2:5041782/1‑140 (MQ=255) tttATGCCCACTACTCGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGTTTAAGGTTTAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATc < 1:5294918/140‑1 (MQ=255) ttATGCCAACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATAATCAAATACCTGGTTTTCACAGACCATTCCCCAGATAAATGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 1:1439802/1‑140 (MQ=255) tATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCAc > 1:997167/1‑140 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCACATCTTTAACGGCCACCTGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc < 1:6337683/140‑1 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc < 1:1008650/140‑1 (MQ=255) cccACCACTAGCGCAAATCAAGACCGGCCACAGGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGcc < 2:7573166/140‑1 (MQ=255) cccACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGcc > 2:1633448/1‑140 (MQ=255) cccACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGGTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGcc > 2:664004/1‑140 (MQ=255) ccACAACGAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCt < 2:4559898/140‑1 (MQ=255) cacaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCTACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTg < 2:4225437/140‑1 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGc > 1:1788844/1‑140 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGc < 2:5837471/140‑1 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCt > 2:28372/1‑140 (MQ=255) | GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |