| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,720,457 | A→G | *97* (TAA→TAG) | yiaG → | HTH‑type transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,720,457 | 0 | A | G | 99.7% | 1179.8 / NA | 338 | *97* (TAA→TAG) | yiaG | HTH‑type transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (129/208); minor base T (1/0); total (130/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAAACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACA > NZ_CP025268/3720321‑3720593 | cGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACtt < 2:4794629/140‑1 (MQ=255) cGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACtt < 2:4399490/140‑1 (MQ=255) cGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCACACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTATGTAAGCAGTTGCTGGAATAGACtt < 2:8344433/140‑1 (MQ=255) cccGGGGTTTGGGCGTATCAGTCGCCNTGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAACATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACtttt < 1:6354810/140‑1 (MQ=255) gggCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTa < 2:3128133/140‑1 (MQ=255) ggCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTAt > 2:495227/1‑140 (MQ=255) gCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTAtt < 1:8994334/140‑1 (MQ=255) cGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGTGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGATTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTg < 2:2214179/140‑1 (MQ=255) cGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTg < 2:8599782/140‑1 (MQ=255) cGTATCAGTCGACATGGTAAAGGAATGGGTATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAATTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGTCTTTAAGTAAGCAGTTTATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTg < 2:6139853/140‑1 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aaCTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGaaaaa > 2:71119/1‑140 (MQ=255) tAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAaataa < 2:3295360/140‑1 (MQ=255) tGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCTGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAAttgttg < 2:8459388/140‑1 (MQ=255) aTGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCa > 2:6411869/1‑140 (MQ=255) cGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTACTCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCa < 1:3232939/140‑1 (MQ=255) gTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCAc < 1:3432716/140‑1 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1:671226/140‑1 (MQ=255) aGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGt < 1:4491928/140‑1 (MQ=255) aGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGt < 1:810992/140‑1 (MQ=255) aGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGt < 2:1323049/140‑1 (MQ=255) aGTTGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTAGTGCTGTTTACGGTCCTGAGGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAACTATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGt < 2:105276/140‑1 (MQ=255) ttGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGttt < 2:8904354/140‑1 (MQ=255) tGATGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTg < 2:728786/140‑1 (MQ=255) aTGGAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGAc > 1:4762979/1‑140 (MQ=255) gAATAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTa < 1:874960/140‑1 (MQ=255) aTAGACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACa > 1:258307/1‑140 (MQ=255) aTAGACTTTAATCCACGTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATCATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTGAATGCACAGCAACGGTTTGACGTACa > 2:7199930/1‑140 (MQ=255) | TCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGATGCGTTTGATTCAAGCCAACCCGGCATTAAGTAAGCAGTTGATGGAATAAACTTTTATCCACTTTATTGCTGTTTACGGTCCTGATGACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACA > NZ_CP025268/3720321‑3720593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |