Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,435,089 | T→C | *287* (TAA→TAG) | qorB ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,435,089 | 0 | T | C | 99.8% | 1396.3 / NA | 414 | *287* (TAA→TAG) | qorB | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (253/160); minor base G (1/0); total (254/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
AGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATA > NZ_CP025268/4434956‑4435224 | gggCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttat > 1:2665130/1‑140 (MQ=255) ggCGTACAGCACGACGCGAATCATTACTGGCCTGCAGTGATCTTTCAGAAGAAAGTTCCGTAAGGAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTAATTATATGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTTTTTAACTAGttatt < 2:194998/140‑1 (MQ=255) gCGTACCGCACGCCGCGACTCATTACTGGCATCCATGGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 2:6489746/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:6321668/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:8065100/140‑1 (MQ=255) cGTACAGCACGCCGCCAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCAGCCCGTCATTATCCGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTATTTAACTAGTTATTaa > 2:2848338/1‑140 (MQ=255) aCAGCACGCCGCTAAGCAGTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGAGTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGAAGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACAt < 2:7017955/140‑1 (MQ=255) gCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTaa > 2:5941676/1‑140 (MQ=255) cgccgcTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTaaaaa > 2:7704266/1‑140 (MQ=255) cgccgcTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTaaaaa > 2:7182116/1‑140 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ggaggaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGt > 2:7347235/1‑140 (MQ=255) gaggaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTc > 1:6814426/1‑140 (MQ=255) aggaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCa > 2:1090573/1‑140 (MQ=255) gaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGa < 1:5408498/140‑1 (MQ=255) gaTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGa > 1:6924624/1‑140 (MQ=255) aTGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGaa < 1:8189485/140‑1 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AGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATA > NZ_CP025268/4434956‑4435224 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |