Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 390,790 | T→C | pseudogene (1489/1527 nt) *388* (TAA→TAG) |
CXP41_RS02030 → CXP41_RS02035 ← |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein IS3‑like element IS3 family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 390,790 | 0 | T | C | 99.4% | 1678.6 / NA | 506 | pseudogene (1489/1527 nt) *388* (TAA→TAG) | CXP41_RS02030 CXP41_RS02035 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein IS3‑like element IS3 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (335/166); minor base A (2/1); total (339/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 506 total aligned reads displayed.
GTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCC > NZ_CP025268/390653‑390907 | gTTCTTCGCGGATCATTGGTGAAGATGTCTACGTGGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTa < 2:5796908/140‑1 (MQ=255) ttcttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTaa > 2:797746/1‑140 (MQ=255) cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGc > 1:1168332/1‑140 (MQ=255) cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGc > 1:1001200/1‑140 (MQ=255) cttcGCTGAACAATGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACAGGGTGGGTGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGTACACAGGCCTAAGc > 2:7096883/1‑140 (MQ=255) aaCATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCt > 2:6458402/1‑140 (MQ=255) tGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGttt > 1:5318482/1‑140 (MQ=255) gTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTc > 1:4983634/1‑140 (MQ=255) aaGATGGCTACTTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCATCCATTACTGTTGCGTGTACCGTATATACTTGGTGGTGTGCTGATTGATCCTATCATCTTATTATTGACACAGGCCTAAGCTAGGTTCTTGTTTTCaaa < 2:501166/140‑1 (MQ=255) gATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAAtt < 2:4435254/140‑1 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> 1:6136143/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:8447444/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:813747/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:7686213/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAGTGTATTCACATGCGATATAATTAAAca > 1:7437456/1‑139 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGACGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 2:557069/1‑139 (MQ=255) 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GTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCC > NZ_CP025268/390653‑390907 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |