| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 468,479 | G→A | E187K (GAG→AAG) | mdlA → | SmdA family multidrug ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 468,479 | 0 | G | A | 99.5% | 2109.4 / NA | 554 | E187K (GAG→AAG) | mdlA | SmdA family multidrug ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (312/235); minor base T (2/1); total (316/238) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 554 total aligned reads displayed.
TCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTGAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCA > NZ_CP025268/468341‑468614 | tGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTg > 1:1349869/1‑140 (MQ=255) tGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTg > 1:8132678/1‑140 (MQ=255) tGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTg > 1:5761967/1‑140 (MQ=255) aTGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTAATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGcaca > 2:2886852/1‑140 (MQ=255) gggCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTGTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAgg < 2:8409770/140‑1 (MQ=255) gCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGGTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcg < 1:196337/140‑1 (MQ=255) cTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcgg > 2:7504247/1‑140 (MQ=255) tGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAggcggc < 2:3183532/140‑1 (MQ=255) gcgcTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGgcggcg > 1:3348912/1‑140 (MQ=255) gcgcTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGgcggcg < 1:1017689/140‑1 (MQ=255) cgcTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGt > 2:9357538/1‑140 (MQ=255) cgcTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGt > 2:7960913/1‑140 (MQ=255) gtgtTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTc < 1:7751624/140‑1 (MQ=255) gtgtTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTc < 2:8947653/140‑1 (MQ=255) tgtTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGTCACAGGCGGCGTTTTcc > 2:6367633/1‑140 (MQ=255) tgtTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTcc > 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gCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTc < 1:5640663/140‑1 (MQ=255) cAGTGATGGCGCTCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCGTTGGTCTg > 2:7626740/1‑140 (MQ=255) aGTGATGGCGATCATGATTAAGCTCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGAACGCACCCAGGAACGCCTCACCAGTATCCGCAGGATCAAAGAATTTGGTCTgg > 2:1834621/1‑140 (MQ=255) tGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGaa > 2:3510601/1‑140 (MQ=255) tGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGaa > 1:9137685/1‑140 (MQ=255) ggCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATc > 1:4645109/1‑140 (MQ=255) ggCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATc > 1:2668607/1‑140 (MQ=255) gCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCg > 1:2103526/1‑140 (MQ=255) cGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGc < 1:8057726/140‑1 (MQ=255) aTCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCa > 1:5988136/1‑140 (MQ=255) cATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGt < 1:6069563/140‑1 (MQ=255) aTTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGc < 1:6740254/140‑1 (MQ=255) cgcAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTAtt > 2:8267900/1‑140 (MQ=255) cAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTg > 2:6544889/1‑140 (MQ=255) aaCGGCGATGCTTTGCAGGAACGCGTTAAGCTGGCACAGGCGGCGGTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCCGGAAAGCCTCACCTGTATCCGCATGATCAAAGCCTTGGGTCTGGAAGAGCGCCAGTCGGCGTAAGTTGc > 2:4575673/1‑140 (MQ=255) aCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGcc < 2:3947929/140‑1 (MQ=255) aCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGcc > 2:1258492/1‑140 (MQ=255) aCGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCGTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGcc > 1:8602824/1‑140 (MQ=255) gCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCcgcg < 2:2921775/140‑1 (MQ=255) cGATGCTTTGCATGAACGCTAGAAGCTGTCTCAGGCGGCTTTTTCCAGTCTTAAGCACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGGATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGCACGCCCGTCGGCGTTATTTGCCGCgg < 2:9197849/140‑1 (MQ=255) aTGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGAt > 2:2320559/1‑140 (MQ=255) aTGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGAt > 2:3722209/1‑140 (MQ=255) tGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGaa > 2:3024637/1‑140 (MQ=255) cATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGa > 1:3684239/1‑140 (MQ=255) aCGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCg > 1:1512148/1‑140 (MQ=255) aCGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCg > 1:1245238/1‑140 (MQ=255) aCGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCg > 1:6585617/1‑140 (MQ=255) cTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCa > 1:1185790/1‑140 (MQ=255) | TCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTGAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAGCCTTTGGTCTGGAAGATCGCCAGTCGGCGTTATTTGCCGCGGATGCCGAAGATACCGGCA > NZ_CP025268/468341‑468614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |