Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 1,206,865 | (T)6→5 | pseudogene (1043/1129 nt) | intE ← | site‑specific integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,206,860 | 0 | T | . | 99.9% | 5327.1 / ‑3.6 | 1110 | pseudogene (1048/1129 nt) | intE | site‑specific integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (437/672); total (437/673) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
Only 100 of 1188 total aligned reads displayed.
TTTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATG > NZ_CP025268/1206721‑1206994 | ttttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAagtagt < 2:7108342/140‑1 (MQ=255) tttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtt < 2:1302117/140‑1 (MQ=255) tttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtt > 1:7081906/1‑140 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 1:5614213/140‑3 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 1:6064623/140‑3 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCGCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 2:3136349/140‑3 (MQ=255) tttttAGCATGTGCGGTGAGAAATGCAATGTGGCGTTGAGCTGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 2:9017445/140‑3 (MQ=255) ttttGTCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtg < 2:1080169/140‑4 (MQ=255) ttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtg < 1:6425552/140‑4 (MQ=255) tCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGCGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCt < 2:7445939/140‑1 (MQ=255) gtgCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAAcc > 1:2342462/1‑140 (MQ=255) gtgCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TGTTTGTGTGTCTAAcc > 2:8228428/1‑140 (MQ=255) tgCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAAccc < 1:2510901/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACACCGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:9345925/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:2167984/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 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gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGt > 1:4291694/1‑140 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:3015916/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 1:1001822/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt > 1:4736596/1‑140 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt > 1:4827808/1‑140 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt > 1:5043230/1‑140 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt > 1:8830740/1‑140 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 1:9458437/140‑1 (MQ=255) aaTTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATTACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTta > 1:4424781/1‑140 (MQ=255) aaTTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTta < 2:1780419/140‑1 (MQ=255) cAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACa < 1:3102320/140‑1 (MQ=255) tgGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACAAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGt > 2:7808771/1‑140 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:1560773/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 2:5782223/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 2:8768088/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:5146285/140‑1 (MQ=255) gCGTTGAGATGCTTACAGGTTCCCAACGCTACTTTGCTCCAGCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc < 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cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATg > 2:4207686/1‑140 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATg > 1:8349617/1‑140 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGGTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATg > 2:3742546/1‑140 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCANCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTNTATACAGNCGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATg > 1:6224421/1‑140 (MQ=255) caACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGa < 1:1974418/140‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGaa < 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tgtTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAt > 1:4589434/1‑140 (MQ=255) tgtTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAt > 2:5928890/1‑140 (MQ=255) tgtTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAt > 1:5905123/1‑140 (MQ=255) tgtTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAt < 2:6414580/140‑1 (MQ=255) gtTTTATGACCAAGTAGTTTTTT‑TGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAtt < 2:6522652/140‑1 (MQ=255) tttATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCa < 2:5676028/140‑1 (MQ=255) ttATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCAt < 2:9144353/140‑1 (MQ=255) tGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGt > 2:6865990/1‑140 (MQ=255) gACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACACCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCATTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTc < 2:1969275/140‑1 (MQ=255) aCCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCa < 1:804435/140‑1 (MQ=255) aCCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCa < 1:7997701/140‑1 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAAtt > 1:9031100/1‑139 (MQ=255) | TTTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATG > NZ_CP025268/1206721‑1206994 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |