| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,717,337 | (C)7→6 | intergenic (+361/‑251) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,717,331 | 0 | C | . | 99.9% | 3394.3 / ‑3.6 | 709 | intergenic (+355/‑257) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (357/350); minor base A (1/0); total (358/351) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 788 total aligned reads displayed.
GAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTG‑AAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAA > NZ_CP025268/1717192‑1717466 | aaTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcc < 1:9028927/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATATTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcc < 2:7404293/140‑1 (MQ=255) aTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAccc > 2:5974684/1‑140 (MQ=255) tCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcccc > 1:1586751/1‑140 (MQ=255) 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1:6285615/140‑1 (MQ=255) | GAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTG‑AAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAA > NZ_CP025268/1717192‑1717466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |