Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 320,615 | (G)6→7 | intergenic (+482/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 320,609 | 1 | . | G | 97.6% | 2408.9 / 43.5 | 704 | intergenic (+476/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/7); new base G (248/439); total (258/446) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 731 total aligned reads displayed.
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑G‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 | cGATGCCGAAAGCAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTCTCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑g < 2:4084764/140‑1 (MQ=255) gaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACAt < 1:1000241/140‑1 (MQ=255) aaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTTGCCAATTTTAAAAGAACGCAATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCg > 2:1120308/1‑140 (MQ=255) tAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCggg > 1:4180680/1‑140 (MQ=255) aaaTTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCa < 1:4676829/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAAt < 1:3332074/140‑1 (MQ=255) gTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATg > 1:1933922/1‑140 (MQ=255) tATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATggg < 2:3671354/140‑1 (MQ=255) tATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATggg < 1:5749373/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCa < 1:1754529/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCa < 2:7193832/140‑1 (MQ=255) tGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCAt > 1:2589660/1‑140 (MQ=255) gCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATg < 1:9089469/140‑1 (MQ=255) tttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAg < 2:5080369/140‑1 (MQ=255) tttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAg > 1:6730108/1‑140 (MQ=255) tttGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAg < 1:5012450/140‑1 (MQ=255) tGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTa < 2:7350823/140‑1 (MQ=255) tGACGGTTGGATGTAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTa > 2:6144666/1‑140 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTaa < 2:3806482/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTaa > 1:1081186/1‑140 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAAt < 1:8178001/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAAt < 1:1559398/140‑1 (MQ=255) cGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATg < 1:2704746/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATgg < 2:3876694/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:2423022/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:5239641/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:6082446/140‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAg > 1:2858758/1‑140 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGt > 1:8370792/1‑140 (MQ=255) aTTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTtgtg < 2:6553938/140‑1 (MQ=255) ttATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGa < 2:8725296/140‑1 (MQ=255) tGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAt < 1:3577597/140‑1 (MQ=255) gTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt > 2:439717/1‑140 (MQ=255) aTACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCt < 1:5568873/140‑1 (MQ=255) tACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCtt > 2:4871268/1‑140 (MQ=255) aCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 1:5369017/140‑1 (MQ=255) aCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 2:3115103/140‑1 (MQ=255) aCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 1:2092989/140‑1 (MQ=255) aCAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 2:8334099/140‑1 (MQ=255) aaTTAGGTGTGGTATGTTGCTAGCAAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCACAGGT‑GTGGGGGAAAAATCTGTCAT‑AAATTGGCATGTAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGAAAATTTCATTGTc > 2:6341329/1‑140 (MQ=255) aaTGAGGGGTTGTATGTTTCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 1:7625574/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 1:9190170/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 2:9110849/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 1:4013804/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 2:5258009/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAGGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATGTCTTTGTc < 2:5950978/140‑1 (MQ=255) tGAGGTGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:7272083/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:8089489/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:8841481/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:6658863/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:1400216/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:6587617/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 1:628164/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:8357686/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:1516478/140‑1 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTCGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:3587613/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc < 1:976580/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc < 2:2162240/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc > 1:4906072/1‑140 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCATTGTCAcc < 2:5463252/140‑1 (MQ=255) ggggTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTg > 2:235928/1‑140 (MQ=255) gggTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGt > 2:7956564/1‑140 (MQ=255) gggTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGt > 1:4417274/1‑140 (MQ=255) ggtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTa < 2:2599869/140‑1 (MQ=255) gtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAt > 1:7738210/1‑140 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCACTTTCTTTGTCACCTGTAtt > 2:3275402/1‑140 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAtt > 1:4098798/1‑140 (MQ=255) ggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTg > 1:709020/1‑140 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTgg > 2:8897466/1‑140 (MQ=255) tGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTAt > 1:901747/1‑100 (MQ=255) tGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTAt < 2:901747/100‑1 (MQ=255) tGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa < 1:747944/140‑1 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg < 2:940612/140‑1 (MQ=255) ttGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg > 2:7437865/1‑140 (MQ=255) atGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGAATGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCAAGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATTTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg > 1:7000439/2‑140 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc < 2:4664282/140‑1 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc < 2:1638075/140‑1 (MQ=255) gCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc < 2:1827028/140‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGccc > 2:6975657/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 1:3765527/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGTCGCCCTGa > 2:6465823/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGa > 1:2209591/1‑140 (MQ=255) ccAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGaa > 1:6192250/1‑140 (MQ=255) ttAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCa > 1:3137962/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAg < 1:5162697/140‑1 (MQ=255) aaaaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGaa < 2:7677875/140‑1 (MQ=255) aGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATgg < 1:640929/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCTATTTATTGATGCTTGAGCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCa < 2:9197384/140‑1 (MQ=255) cGCCATATTGATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACCTCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg < 1:5442534/140‑1 (MQ=255) cccaatttttttGTTGTTTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACCTCGGGGATAAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACg < 1:736812/134‑1 (MQ=255) attGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGACATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtg > 1:8621330/1‑140 (MQ=255) ttGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgc > 1:7964449/1‑140 (MQ=255) tgatgaTTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgct > 2:1941427/1‑140 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg > 2:3211862/1‑140 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg > 2:5690759/1‑140 (MQ=255) gatgatTGATCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGtgctg > 2:1347466/1‑140 (MQ=255) tgattgatCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTgctgct < 2:8183581/140‑1 (MQ=255) attgatCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTAc > 1:3023485/1‑140 (MQ=255) ttgatCCCCCGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCTTGCTGCTACt > 2:2909349/1‑140 (MQ=255) ccccGGTGG‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGaaaa > 2:8031795/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑G‑GGGGGAAACATCGGGCAT‑AAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |