Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 98.9% | 1506.2 / 7.5 | 437 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base C (186/244); total (191/246) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑CCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 | aTTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c > 2:3848996/1‑140 (MQ=255) aTTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c > 1:6203763/1‑140 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccc > 1:413555/4‑140 (MQ=255) ctgcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccc > 2:8855918/4‑140 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccg > 1:1161982/2‑138 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccg > 2:5139180/2‑138 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccgc > 1:8260517/1‑137 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAATAG‑cc‑ccccgccg > 1:7458113/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccgccg > 2:7802537/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccgccg > 1:2990667/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccgccg > 1:3328307/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑cc‑ccccgccg > 1:1693671/1‑135 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGC‑AAAAATGCATCATTTCACACTCCCGAAGACCACTGTTGAATGAACGTCCTGTTCACGGTTGCTAAAAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGACC‑CCcgccgc > 2:7952857/1‑140 (MQ=255) accTGCAAGCGTAAGTGATGTCGCATAGAAACACCAGCTCAAAAAAGGCGTCATTTACCTCTCCATATGAACACGGTTGTATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCTTCCTGCCCGTTTTAAAG‑cc‑ccccgccg < 2:7486743/139‑6 (MQ=255) agCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAAGATTCATTTACCAATCCCCAATACCAAGGTTTAATTAACATACTGTTCCCCGTTGCTAACAATGCGTCCTGCCCCGTTAAAAT‑cc‑cccccccgcag > 2:3717785/2‑135 (MQ=255) 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2:3459516/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGcttct > 2:7133787/1‑140 (MQ=255) ttCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGAGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTa < 2:8470316/140‑1 (MQ=255) tCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTaa < 1:2477127/140‑1 (MQ=255) gggtGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:2590760/137‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCCC‑CCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 2:3385847/140‑1 (MQ=255) 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TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CC‑CCCACCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309546‑3309817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |