Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 3,743,290 | +C | intergenic (‑66/‑116) | yiaJ ← / → galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 3,743,289 | 1 | . | C | 97.9% | 648.0 / 5.6 | 192 | intergenic (‑65/‑117) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (99/89); total (102/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
ACTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAA > NZ_CP025268/3743150‑3743420 | aCTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATaa > 2:790776/1‑140 (MQ=255) aCTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATaa > 1:2442852/1‑140 (MQ=255) tctGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTAGTTCTCATTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑cc > 2:1097867/1‑139 (MQ=255) tGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTGTCCCCATTTTGTCGCGTCCT‑ATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat < 2:8996279/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat < 2:923044/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat > 1:8325571/1‑136 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat < 1:8707174/140‑5 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat > 2:2290628/1‑136 (MQ=255) ggCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑ccaat < 2:6340403/140‑5 (MQ=255) ttCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGa < 2:1623623/140‑1 (MQ=255) gCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGAttttt < 1:1864016/140‑1 (MQ=255) tGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTC‑TTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATg < 1:800106/140‑1 (MQ=255) ggACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATg > 1:8780301/1‑140 (MQ=255) gACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGt < 2:5562175/140‑1 (MQ=255) ctctTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCttt < 1:9363251/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGaa < 1:8606865/140‑1 (MQ=255) tGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGAGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCAGTAGTTCACGATCTAGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGTAATtcat < 2:3940173/140‑1 (MQ=255) gcgcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATtcatc > 1:4131537/1‑140 (MQ=255) gcgcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATtcatc > 2:9052986/1‑140 (MQ=255) cgcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCATTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGAGGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATtcatca < 1:747647/140‑1 (MQ=255) gcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATtcatcat > 1:4879642/1‑139 (MQ=255) gcCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCaa < 1:3683532/140‑1 (MQ=255) cATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATC < 1:4187930‑M1/140‑1 (MQ=255) ctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCaga > 1:247724‑M1/1‑137 (MQ=255) ctcGTTCTATTTTTTTCACATCACATCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTATATGTCTTTTGAAATTCATCAATCaga < 2:4745661‑M1/140‑4 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 2:9306017‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:7037238‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:6636567‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:1404668‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:2223981‑M1/1‑133 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:4475892‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2769037‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4956849‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4154597‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCACATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:6738113‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTATATTTCCCATCACAGCTTTCCCCCTTTTGTCGCGTCCCGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:7044054‑M1/140‑9 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct < 1:2798927‑M1/140‑10 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgt > 2:6445602‑M1/1‑128 (MQ=255) tCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaa > 1:569553‑M1/1‑122 (MQ=255) cATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtg < 2:5442315‑M1/140‑22 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:5486351‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:7814583‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:4190477‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:4629066‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:4235811‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:5501322‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCACGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagcttgccttgttaaaaagtgat < 2:1722567‑M1/140‑24 (MQ=255) cttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcga < 1:1925789‑M1/140‑27 (MQ=255) cttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcga 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ttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatca > 1:8426409‑M1/1‑100 (MQ=255) tGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaa > 1:7944572‑M1/1‑99 (MQ=255) gTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcg < 1:4508878‑M1/140‑48 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:9219212‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 2:3321976‑M1/1‑92 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAAGTTATAACCCATTGATTTTTATGTCTTTTGACATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 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1:1390155‑M1/1‑45 (MQ=255) aTTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcct > 2:6123055‑M1/1‑44 (MQ=255) | ACTCTGGCTTCCGGCTGGACGCTCTTTTTCCTGCGCCATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑CAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAA > NZ_CP025268/3743150‑3743420 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |