| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,426,468 | +C | pseudogene (249/275 nt) | yjfY ← | DUF1471 family protein YjfY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,426,468 | 1 | . | C | 99.3% | 1516.2 / 1.3 | 440 | pseudogene (249/275 nt) | yjfY | DUF1471 family protein YjfY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base C (196/240); total (196/244) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
ATTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426329‑4426601 | ttccttccTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑Tgca < 2:4761881/140‑3 (MQ=255) cttcctCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑Tgcatat < 1:5525015/140‑6 (MQ=255) gTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTc > 2:7963793/1‑140 (MQ=255) tCTAATTCCGCAGCCTTTTTTCAAAAAAAATCCCCCTGCTAATGGGGCAAAGCACACTATTTCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATTAATATCCGCGCTGGCG‑TGAATATTGCCGTTACTCCCCGGGTcc < 2:2514952/140‑1 (MQ=255) 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tatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 1:3795485/140‑1 (MQ=255) tatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCACGCATCAGAATTAAGTTGTAGTACGTTGCTCATTTCTCATATTTTTCTTCATTTAATGACTGACGTGCTTCGCTTTCATTGGAGAAATTATGATTGata < 2:4986145/140‑1 (MQ=255) tatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCACCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTTGTAGTACGTTGCGCCTTTCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 2:1190621/140‑1 (MQ=255) tatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGGTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 2:7280622/140‑1 (MQ=255) tatCCGCGCTGGCG‑TGCAGATTGCAGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCATAATTAAGTGGTAGTACGGTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 2:8438802/140‑1 (MQ=255) tCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGAtata > 2:5442037/1‑140 (MQ=255) tCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGAtata > 1:5726520/1‑140 (MQ=255) gcgcTGGCGTTC‑ATAGTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTTCGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTTCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:6624545/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:5656266/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATAGTGCCGTTACTCCCCGTTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:8274940/140‑1 (MQ=255) gcgcGGGCG‑TGCATATTGCCGTGACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGAAGTCCGTTGCGCCGTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAAGTATGATGGATATAAAt < 2:6317599/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATc > 2:7492422/1‑140 (MQ=255) cgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATc > 2:1650593/1‑140 (MQ=255) | ATTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426329‑4426601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |