Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 886,964 | A→G | *372* (TAA→TAG) S208S (AGT→AGC) |
yliI → gstB ← |
aldose sugar dehydrogenase YliI glutathione S‑transferase GstB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 886,964 | 0 | A | G | 99.8% | 1672.8 / NA | 479 | *372* (TAA→TAG) S208S (AGT→AGC) | yliI gstB | aldose sugar dehydrogenase YliI glutathione S‑transferase GstB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (235/243); minor base C (0/1); total (235/244) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
AAAGTGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAACTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTGCGATAGCGATA > NZ_CP025268/886827‑887099 | tGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACg < 1:2807222/140‑1 (MQ=255) aCAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACggg > 2:8925697/1‑140 (MQ=255) cAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGa < 2:7473868/140‑1 (MQ=255) cAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGGGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCCCCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGa < 2:1609395/140‑1 (MQ=255) cAGAAGATGGCCGAATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGa < 2:7183055/140‑1 (MQ=255) aagaTGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAatc > 2:4500832/1‑140 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCTAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAAtcatca < 2:4129943/140‑1 (MQ=255) tGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCACTTAGCTAACGGGAAtcatca > 2:8362318/1‑140 (MQ=255) ggCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTAAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATcac > 2:4413291/1‑140 (MQ=255) gCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATcacc > 2:7002357/1‑140 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aaaGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGaa < 1:4764443/140‑1 (MQ=255) aaaGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGaa < 1:5420598/140‑1 (MQ=255) aGTTAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACg < 1:4616527/140‑1 (MQ=255) ttAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGt < 1:1349605/140‑1 (MQ=255) tAGCCCACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTg > 1:1860436/1‑140 (MQ=255) cccACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcga > 1:7495505/1‑140 (MQ=255) cccACGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcga > 2:8814993/1‑140 (MQ=255) cGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcgatagc > 1:4207880/1‑140 (MQ=255) cGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcgatagc > 2:4544151/1‑140 (MQ=255) cGCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGGTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCTGGTCAGGCCAACGGTAAACAAATTGTAGATGAACGGTgcgatcgc > 2:7945972/1‑140 (MQ=255) gCAATTAGCTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACACATTGTAGATGTACGGTgcgatagcg > 1:8082423/1‑140 (MQ=255) | AAAGTGACAGAAGATGGCCGTATTTTAACGGACAGAGGGCAGCGAATTCGTGATGTTCGCACTGGACCCGACGGTTATTTATACGTTCTCACCGACGAGTCCAGTGGGGAATTACTTAAAGTTAGCCCACGCAATTAACTAACGGGAATCATCACCACTTTGCGCACTGCGGGGCGTTCAGTGAGTTGCTGATACCAGCGTTGCAGATTTGGACGCGGTGTCCAGGTCAGGCCAACGTTAAACAAATTGTAGATGAACGGTGCGATAGCGATA > NZ_CP025268/886827‑887099 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |