| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,215,618 | T→C | pseudogene (386/405 nt) | tfaP → | tail fiber assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,215,618 | 0 | T | C | 99.9% | 2359.4 / NA | 692 | pseudogene (386/405 nt) | tfaP | tail fiber assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (386/305); minor base A (0/1); total (386/306) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 692 total aligned reads displayed.
CAATAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCTTACGCCTCCGGCAGTT‑AGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > NZ_CP025268/1215481‑1215753 | tAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGc > 2:2575338/1‑140 (MQ=255) tAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGc > 1:2046885/1‑140 (MQ=255) aGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGcc < 2:8429504/140‑1 (MQ=255) aCAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCgg < 1:4209263/140‑1 (MQ=255) aCAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCgg < 2:4512420/140‑1 (MQ=255) aCAGTGGCAGGGTAAGGCTGAATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCgg < 1:2961142/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGt > 2:8594722/1‑140 (MQ=255) tGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGt > 1:6464418/1‑140 (MQ=255) ggCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGtt < 2:878687/140‑1 (MQ=255) cAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGttca > 1:1874794/1‑138 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1:2787965/1‑140 (MQ=255) cTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTg < 1:4966109/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGc > 1:7761624/1‑140 (MQ=255) agaagaTGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGt < 1:4655992/140‑1 (MQ=255) tGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGt > 1:1280703/1‑140 (MQ=255) tGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGt > 1:529682/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTct > 2:1419303/1‑140 (MQ=255) tGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgc < 2:8179553/140‑1 (MQ=255) gATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcc < 1:8019670/140‑1 (MQ=255) aTACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcct > 1:5667085/1‑140 (MQ=255) aTACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTctgcct < 2:3594598/140‑1 (MQ=255) aTCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGt < 2:3094347/140‑1 (MQ=255) aTCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGt < 2:5018315/140‑1 (MQ=255) aTCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGt < 1:4086392/140‑1 (MQ=255) ccAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa > 2:9243513/1‑140 (MQ=255) ccAGTGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCa > 2:3990620/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 1:852555/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 1:7245450/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 2:5697019/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 2:4366926/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGttt > 2:416053/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGAAATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGCTGCAGGTATCAGTTGCCGACACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGatt > 2:9059008/1‑140 (MQ=14) gcgcCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTa > 2:2397672/1‑140 (MQ=255) cgcCAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTAc > 2:5800048/1‑140 (MQ=255) cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTc > 1:5469947/1‑140 (MQ=255) cAGATATTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTc > 2:1768017/1‑140 (MQ=255) atatTGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCgg < 1:6017538/140‑1 (MQ=255) tGAATGGCCTACGCCTCCGGCAGTTCAGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTg > 2:3756777/1‑140 (MQ=255) | CAATAGCAGACAGTGGCAGGGTAAGGCTGCATTGGGAAGACTTAAAGAAGATGAGCTGAAACAATATAATTTGTGGCTGGATTATCTGGAAGCACTGGAACTGGTTGATACATCCAGTGCGCCAGATATTGAATGGCTTACGCCTCCGGCAGTT‑AGGCCAGATGACATCCGGCGCGGTGCTGGTATCTGTTGCCGTCACCGCGTCAATGTAATCCAGCACAGCGTTAAGTCTGGTTGTTTCTGCCTGCGTCAGTTTACGTCCGGCCTGCAATT > NZ_CP025268/1215481‑1215753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |