Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 150,778 | C→T | A3T (GCT→ACT) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 150,778 | 0 | C | T | 99.8% | 3912.8 / NA | 995 | A3T (GCT→ACT) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (621/371); minor base G (2/0); total (624/371) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 995 total aligned reads displayed.
AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 | aaaGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCt > 1:8048510/1‑140 (MQ=255) aaGGTCAGCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCtt < 2:5386687/140‑1 (MQ=255) aGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTc < 1:7248960/140‑1 (MQ=255) tCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtt > 1:7083947/1‑140 (MQ=255) cATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttt > 1:9248353/1‑140 (MQ=255) aTCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtttt > 2:3167160/1‑140 (MQ=255) aTCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtttt > 2:6270199/1‑140 (MQ=255) aTCTGTGCGGCAGAGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGAATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtttt > 2:6365397/1‑140 (MQ=255) tCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttttt > 1:4633977/1‑140 (MQ=255) tgtgCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCATTTTTAc < 2:766728/140‑1 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2:3728139/1‑140 (MQ=255) aGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCGTTATTGTTATGGTTTGAGCTGTTTTGGTTTGTTATTCGTAGTAATTATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCATTTGTTACAGTCAATTCAg > 2:8777735/1‑140 (MQ=255) gTACCTGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCCATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTCTTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCg > 2:8560205/1‑140 (MQ=255) tGAAGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAtttt < 1:5225142/140‑1 (MQ=255) aaGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAtttttt > 2:4987782/1‑140 (MQ=255) aaGATAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGAtttttt > 2:127156/1‑140 (MQ=255) tAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCt < 2:4338712/92‑1 (MQ=255) tAGTCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAt > 2:5179379/1‑140 (MQ=255) | AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |