Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,623,038 | A→G | *397* (TAA→TAG) | ydeA → | L‑arabinose MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,623,038 | 0 | A | G | 99.7% | 2095.9 / NA | 601 | *397* (TAA→TAG) | ydeA | L‑arabinose MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (259/340); minor base T (0/2); total (259/342) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 607 total aligned reads displayed.
GTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAATTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGCCC > NZ_CP025268/1622901‑1623174 | ggtaATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGGTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATATCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGATGAACAGACGCAGTAGTTGaa > 2:4741177/1‑140 (MQ=255) aTCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGc < 2:655012/140‑1 (MQ=255) tCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTGAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGcc > 1:6614846/1‑140 (MQ=255) tCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGGTAATTTGGTCAAGCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAAGAGTTGAAAGGcc > 2:6317774/1‑140 (MQ=255) aGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCGGTTGCCGCGGTAATTGGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCCGTGACACTCGAAGAACTGACGCAATAGTTGAAAGGCCCa > 2:4123789/1‑140 (MQ=255) aGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCgg < 2:1598513/140‑1 (MQ=255) aGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCgg < 2:6453033/140‑1 (MQ=255) tttGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGc > 1:2591329/1‑140 (MQ=255) ttGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGcc < 1:1136141/140‑1 (MQ=255) tGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCt > 1:5895016/1‑140 (MQ=255) cACTGGTCAATGTCGATGAGTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCttt < 2:8588437/140‑1 (MQ=255) aCTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCtttt > 1:8219507/1‑140 (MQ=255) ggtacaTGTCGATGATTGGTTATGTGTGCGAGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACAATCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCAATTCGGGCCTTTTTTa > 2:8424926/6‑140 (MQ=255) ggTCAATGTCGATGATTTGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTa > 2:5585451/1‑140 (MQ=255) ggTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTa > 1:8507381/1‑140 (MQ=255) ggTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTa > 1:5275457/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTaa > 1:3965342/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTaa > 1:4248761/1‑140 (MQ=255) gTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGGGCCGGCGGGTGCCGCGTTAATTTGGTCAAGCATTCTAGTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGTAGAACAGACGCAAGAGTTGACAGGCCCGTGCGGGCCTTTTTTaa > 2:6138109/1‑140 (MQ=255) aTGTCGCTGCTTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGAGTTAATTTGGTAAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAATGGCCCATTCGGGCCTTTTTTCATGGt < 2:871948/140‑1 (MQ=255) tGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTa > 1:4401684/1‑140 (MQ=255) tGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTa < 1:3274647/140‑1 (MQ=255) gTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCAATCGGGCCTTTTTTAATGGTAc > 2:2028146/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCCGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 2:917075/1‑140 (MQ=255) atgatTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGttt > 2:3837938/1‑140 (MQ=255) atTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTaa < 1:7049324/140‑1 (MQ=255) ttGGTTCTGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAAt < 2:7391002/140‑1 (MQ=255) ttGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTAGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAAt < 1:5988741/140‑1 (MQ=255) tgggTTATGAGGGCGCGGTGCCTGCATTTGCCGCGTTAATTTGGTCCATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAAt < 2:6732136/138‑1 (MQ=255) tGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTGCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGACGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTATAATg < 2:7521053/140‑1 (MQ=255) gTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGAt > 1:8135842/1‑140 (MQ=255) gtgGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCa < 1:1986070/140‑1 (MQ=255) tgGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCACTAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAg > 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cgcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATg > 2:625388/1‑140 (MQ=255) cgcgGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATg < 1:3457959/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGt < 1:296927/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGt < 1:6211903/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGt < 1:795221/140‑1 (MQ=255) gTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGt < 1:5094001/140‑1 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1:679834/140‑1 (MQ=255) ttAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCacac < 2:1345609/140‑1 (MQ=255) ttAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCacac < 1:9351314/140‑1 (MQ=255) ttGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCcata < 2:8863442/140‑1 (MQ=255) ttGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCcata < 2:1145655/140‑1 (MQ=255) gTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCcatacat > 2:5812364/1‑140 (MQ=255) 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2:2671765/1‑140 (MQ=255) aGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGgag < 1:4145105/140‑1 (MQ=255) tGACACTCGACGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGAt < 1:2862288/140‑1 (MQ=255) cTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCtt < 1:7454183/140‑1 (MQ=255) cTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCtt < 1:7123720/140‑1 (MQ=255) cTCGAAGAACAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCtt > 1:6397776/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGACGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACAccc > 2:5073187/1‑91 (MQ=255) cGCAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGca > 2:4240125/1‑82 (MQ=255) cAATAGTTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGc > 2:8253131/1‑140 (MQ=255) atagtTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGccc > 2:2430597/1‑140 (MQ=255) | GTAGGTAATCAGGTGAGTTTGCACTGGTCAATGTCGATGATTGGTTATGTGGGCGCGGTGCCTGCTTTTGCCGCGTTAATTTGGTCAATCATTATATTTCGCCGCTGGCCAGTGACACTCGAAGAACAGACGCAATAATTGAAAGGCCCATTCGGGCCTTTTTTAATGGTACGTTTTAATGATTTCCAGGATGCCGTTAATAATAAACTGCACACCCATACATACCAGCAGGAATCCCATCAGACGGGAGATCGCTTCAATGCCACCCTTGCCC > NZ_CP025268/1622901‑1623174 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |