Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,786,781 | G→C | G190G (GGG→GGC) | ydiS → | FAD‑dependent oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,786,781 | 0 | G | C | 99.7% | 2349.7 / NA | 673 | G190G (GGG→GGC) | ydiS | FAD‑dependent oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (236/435); minor base A (2/0); total (238/435) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 673 total aligned reads displayed.
CAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGG > NZ_CP025268/1786644‑1786919 | cAGGCTGGTGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 2:4000477/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 2:1488385/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:707614/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:7854957/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:5479326/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:5165798/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 2:5247210/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:3238650/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:8860406/140‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGAGTCTGGCTGAGGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTGATTGGCCt < 2:7902788/140‑1 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atgatATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGaa < 2:8256777/140‑1 (MQ=255) ctatTCTCGAAGCGACTGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAg > 2:2605781/2‑140 (MQ=255) atatTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAg < 2:7094568/140‑1 (MQ=255) atatTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAg > 2:2246426/1‑140 (MQ=255) atatTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAg > 1:3906403/1‑140 (MQ=255) atatTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCGGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTACAGAGGGTTTTGGCCTCACACCAGAACAg > 2:6594706/1‑140 (MQ=255) tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCt < 1:7533333/123‑1 (MQ=255) tctcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCa > 1:8652859/1‑140 (MQ=255) tcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAAc > 2:8622888/1‑140 (MQ=255) tcGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAAc > 2:5939633/1‑140 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTTGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:319957/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 1:8181858/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 1:844720/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:1079917/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 1:5636032/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:7758618/140‑1 (MQ=255) aaGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTCCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:3007199/140‑1 (MQ=255) aaGCGAAGGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGAt < 2:9235272/140‑1 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cTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCt > 2:1820882/1‑140 (MQ=255) cGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTgg < 2:854859/140‑1 (MQ=255) aTGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGTCt > 1:9298665/1‑140 (MQ=255) gctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGt < 1:2690056/140‑1 (MQ=255) ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGtt > 2:5416233/1‑140 (MQ=255) ctcgctGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGtt > 1:2187537/1‑140 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2:2825191/1‑140 (MQ=255) cTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATAcc > 1:1825834/1‑140 (MQ=255) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaac > 1:1005747/1‑140 (MQ=255) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaac < 1:6388030/140‑1 (MQ=255) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaac < 1:47129/140‑1 (MQ=255) ttGGTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGAGTTCTCTATACcaac > 2:9000114/1‑140 (MQ=255) ggTGTTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACcaacaa > 2:6715576/1‑140 (MQ=255) gtgtTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAg < 1:2327396/140‑1 (MQ=255) tgtTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAgg < 1:1966718/140‑1 (MQ=255) gtTAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGa < 2:7491117/140‑1 (MQ=255) ttAAAGAGGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGAt > 1:3025346/1‑140 (MQ=255) agagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCCACGATCGCTTTATTATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCa > 2:5742314/1‑140 (MQ=255) agagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGGTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCa > 2:7394501/1‑140 (MQ=255) gagcatATTTGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATAGTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCat < 2:8704140/135‑1 (MQ=255) gagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCat < 2:5114272/140‑1 (MQ=255) gagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCat < 1:6465049/140‑1 (MQ=255) gagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCat < 1:8024098/140‑1 (MQ=255) gagGTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCat < 1:1448462/140‑1 (MQ=255) gTTATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATc > 1:6888818/1‑140 (MQ=255) tATTGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCt > 1:5773245/1‑140 (MQ=255) tGGCCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTgg > 2:212745/1‑140 (MQ=255) | CAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTAAAGAGGTTATTGGGCTCACACCAGAACAGATCAACGATCGCTTTAATATTACGGGCGAGGAAGGTGCCGCCTGGCTGTTTGCCGGTTCCCCTTCTGACGGCCTGATGGGCGGGGGATTTCTCTATACCAACAAGGATTCCATATCCTTGGGG > NZ_CP025268/1786644‑1786919 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |