| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,088,812 | A→G | G251G (GGT→GGC) | tsuA ← | thiosulfate utilization transporter TsuA/YeeE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,088,812 | 0 | A | G | 99.5% | 2081.6 / NA | 604 | G251G (GGT→GGC) | tsuA | thiosulfate utilization transporter TsuA/YeeE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (346/254); minor base T (3/0); total (349/255) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 604 total aligned reads displayed.
CTGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACACCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTCCTAACCCAAACATGCGTCCGGTTGCTTCACTCAGGGGCCAGGCTAAAAGCGCAATCAAACCGAT > NZ_CP025268/2088675‑2088946 | cTGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGcc < 2:9405130/140‑1 (MQ=255)cTGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGcc < 2:6375277/140‑1 (MQ=255) tGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGccc > 2:1009469/1‑140 (MQ=255) tGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGccc < 1:7970693/140‑1 (MQ=255) ggCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGcccc > 2:2128600/1‑140 (MQ=255) ggCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGcccc > 2:1554860/1‑140 (MQ=255) cACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAAAGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGAAATAAATGACCCCACTAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAg < 2:2683483/140‑1 (MQ=255) aCCGAAGCCCATCAGTACACCACCTCACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGt < 1:9200367/140‑1 (MQ=255) aCCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGt > 1:8640968/1‑140 (MQ=255) aCCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGt > 1:284594/1‑140 (MQ=255) aCCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGt < 1:3662099/140‑1 (MQ=255) gAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTTTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTAACGGCACGCTATGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCACTAACACCAGGAAAACGCCCAAGTTaa > 1:2152085/1‑140 (MQ=255) aaGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAAt > 2:3938879/1‑140 (MQ=255) cATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTGTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCACTAACTGACCCCACGAAGATCCCTATCACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTAtt > 2:8089986/1‑140 (MQ=255) gTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATg < 1:2285127/140‑1 (MQ=255) ccaccTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCAcc < 2:9212332/140‑1 (MQ=255) caccTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCAccc > 1:8098606/1‑140 (MQ=255) ccTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCcgc > 2:4639686/1‑140 (MQ=255) ccTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCcgc > 1:29844/1‑140 (MQ=255) cTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCcgcg > 2:7945939/1‑140 (MQ=255) cTAACCCGCGACGTCATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGAGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGCCCCCACGAAGTTCCCTAAAACCAGGACAACGCCCCTGTGACTGTAGTTGATGGCACCcgag > 2:7194392/1‑138 (MQ=255) aaCCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGAc > 2:189740/1‑140 (MQ=255) aaCCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGAc > 2:7829804/1‑140 (MQ=255) gCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGaa > 1:138498/1‑140 (MQ=255) gCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGaa > 1:649706/1‑140 (MQ=255) cTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGaaa > 1:8219909/1‑140 (MQ=255) tACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAAt > 1:3285403/1‑140 (MQ=255) tACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAAt > 2:6931093/1‑140 (MQ=255) tACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAAt > 1:5841619/1‑140 (MQ=255) cGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTg < 1:4215261/140‑1 (MQ=255) gTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGc < 2:4142227/140‑1 (MQ=255) tAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCa < 1:6039017/140‑1 (MQ=255) tAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCa < 1:8862719/140‑1 (MQ=255) ttgtttgtGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAata > 1:1507404/1‑140 (MQ=255) tttgtGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTCTTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTg > 1:8415735/1‑140 (MQ=255) tttgtGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTg > 1:3174838/1‑140 (MQ=255) tttgtGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTg > 1:513111/1‑140 (MQ=255) tttgtGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTg > 1:7454962/1‑140 (MQ=255) tgtgCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGc < 2:3869693/140‑1 (MQ=255) tgtgCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGc < 1:4978841/140‑1 (MQ=255) tgtgCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGc < 1:4857435/140‑1 (MQ=255) tgCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCg < 2:320978/140‑1 (MQ=255) cATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGtt > 2:8322510/1‑140 (MQ=255) cccgCTGCGCGACCGCGGACCTCCCGGCGCTCTTTGGCTGCAATACATGCCCCCACGAACTTCCCGACCCCCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTgg < 2:3676485/137‑1 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2:7048155/1‑140 (MQ=255) gcgcGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGCTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGCAGt > 2:7624113/1‑140 (MQ=255) gcgcGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCGAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTCATGTATTTCAGGTCACCCGCGCCCAGACCTTGCCGAATATTGGCCGTGGGGGAAgg > 2:8924501/1‑139 (MQ=255) cgcgAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTTCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTg < 2:7300191/140‑1 (MQ=255) cgcgAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTTGGGAAGTg > 2:5085024/1‑140 (MQ=255) cgcgAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTg > 1:3766398/1‑140 (MQ=255) aCGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTcc < 2:8801459/140‑1 (MQ=255) aCGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGAGCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGACACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTcc < 1:9428041/140‑1 (MQ=255) aCTCAAGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTCCTAACCCa < 2:8444963/140‑1 (MQ=255) aCGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGc < 1:7505861/111‑1 (MQ=255) aCGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTCCTAACCCAAACa > 2:5521059/1‑140 (MQ=255) ggCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACGCCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTCCTAACCCAAACATg > 2:6665108/1‑140 (MQ=255) 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CTGGCACCGAAGCCCATCAGTACACCACCTAACCCGCTACGTAATGTTGTTTGTGCATCAGCTGCGCGAACGCGGAACTCACGGCTCGCTTTGGCTGCAATAAATGACCCCACGAAGATCCCTAACACCAGGAAAACACCCCAGTTAATGTATTTCATGTCACCCGCGACCAGAAATTGCAGAATATTGGCCGTTGGGGAAGTGATTCCTAACCCAAACATGCGTCCGGTTGCTTCACTCAGGGGCCAGGCTAAAAGCGCAATCAAACCGAT > NZ_CP025268/2088675‑2088946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |