| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 261,616 | A→G | H354R (CAT→CGT) | proA → | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 261,616 | 0 | A | G | 99.9% | 2310.3 / NA | 661 | H354R (CAT→CGT) | proA | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (393/267); minor base T (0/1); total (393/268) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 661 total aligned reads displayed.
TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 | tATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGttt < 2:1044183/140‑1 (MQ=255) gATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGCTGCCATCGCCCATAGTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTaa < 1:1842222/140‑1 (MQ=255) aTGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGAGGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAAc > 1:6015716/1‑140 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGCTATGCGCAACGCCCCGCGTTTTGTTAACg > 2:1814149/1‑140 (MQ=255) 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tGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcg > 2:6290964/1‑140 (MQ=255) tGCCATCGCCCAGAGGCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcg < 2:8529757/140‑1 (MQ=255) gCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTaa < 2:8408767/86‑1 (MQ=255) gCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcgg > 1:1296449/1‑140 (MQ=255) tCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACggcggc < 2:2622138/140‑1 (MQ=255) cATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGtt > 1:4527824/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCaa < 2:4663970/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAAt > 2:140966/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAAt > 1:2661825/1‑140 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCTTCCTCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGAGCGTGGCCCAATg < 1:3782111/140‑1 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATg > 1:9365541/1‑140 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATg > 1:7177521/1‑140 (MQ=255) gCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATggg < 2:7504586/140‑1 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg < 2:529483/140‑1 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg > 1:8078473/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTGTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg < 2:7027432/140‑1 (MQ=255) | TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |