| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,843,404 | A→T | intergenic (‑120/‑140) | ascG ← / → ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,843,404 | 0 | A | T | 97.5% | 1785.0 / NA | 474 | intergenic (‑120/‑140) | ascG/ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (250/211); minor base G (0/12); total (250/224) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
TTCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAA > NZ_CP025268/2843267‑2843538 | tCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCa < 1:1052842/140‑1 (MQ=255) tCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCa < 1:7380983/140‑1 (MQ=255) tCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCa < 1:5170448/140‑1 (MQ=255) tCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAGTCa < 2:4825648/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |