| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,985,593 | T→C | *279* (TAA→TAG) | kduI ← | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,985,593 | 0 | T | C | 99.9% | 2255.3 / NA | 649 | *279* (TAA→TAG) | kduI | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (291/357); minor base G (1/0); total (292/357) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 649 total aligned reads displayed.
GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCTC > NZ_CP025268/2985456‑2985730 | gTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTa > 2:7002685/1‑140 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAAGGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCTCAACCAGTGACGACCGAAACTTTACCTTCGTGAGAAAATGGACTTAAAATCATTAGAATAGCTTATTCGTTTATGCACAATACTTGCGCAAAtg > 2:1824347/1‑139 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATc > 1:5499851/1‑140 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATc > 2:3403078/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGAAGACCGCAACGTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTCTTCGTGTATGCCCACAACTAGCGCAAATCtt > 2:6668647/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCACAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTGTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAACAGCATAACACTACCTTATTCGTTTATGCACACTACTAGCGCAAATCtt > 2:6808772/1‑140 (MQ=255) ttGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCttt < 2:2039624/140‑1 (MQ=255) ttGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCttt < 1:4196587/140‑1 (MQ=255) ccAGCCCCACCGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTACCgg < 2:2624925/140‑1 (MQ=255) ccAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACgg < 1:6408143/140‑1 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cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:4243732/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 1:5197255/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:4094908/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAAGACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:6022241/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCATCCCCGGACCCAGTCCAGTCTCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:8606283/140‑1 (MQ=255) cccAACGCCAACCCCGGACCCACACCACTAGCACAACCAGTGCCCACCGCAACCTTCCCTACCCGCCAAAATGCACTAAAAAACCTAACAATACCTTAGTCGTTTATGCCCCCAACTAGCCCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:1191573/140‑1 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tccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGGCCATATCATCAAAGACCTg > 2:2414816/1‑140 (MQ=255) ccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTgg < 1:8145242/140‑1 (MQ=255) cagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGt < 1:155593/140‑1 (MQ=255) gtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGttt > 1:7044899/1‑140 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAc < 2:7942152/140‑1 (MQ=255) caACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCg > 2:3942190/1‑140 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2:356182/140‑1 (MQ=255) ccatATTCGTTTATGCCCACCACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAACGGAATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGccc < 2:5301861/137‑3 (MQ=255) ccTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGACCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTc < 2:4956373/140‑1 (MQ=255) tATTCTTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGTCCACATGGTCCATATCAACAAAGACCTGGTATTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCgtg > 2:6239118/1‑138 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:5539844/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 1:6712386/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 1:5806820/1‑140 (MQ=255) tATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGAATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCggg > 2:1396921/1‑140 (MQ=255) ttCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGga > 1:7249914/1‑140 (MQ=255) ttCGGTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAACGACCTGGTTGTCACCGACCATGCCGCAGATAATGGTATTAGCTGTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCCGCGCGGGga > 2:7431999/1‑140 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgag > 1:3476659/1‑140 (MQ=255) gTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGAt > 1:1426471/1‑140 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 1:2567696/1‑140 (MQ=255) tATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCAc > 2:579750/1‑140 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc < 2:513507/140‑1 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc < 1:7806617/140‑1 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc > 2:4615921/1‑140 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGcc > 1:5337533/1‑70 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGtat < 1:2508283/84‑1 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGtat > 2:2508283/1‑84 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGc < 2:7272326/140‑1 (MQ=255) | GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCTC > NZ_CP025268/2985456‑2985730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |