| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,392,785 | C→T | intergenic (‑72/+358) | tldD ← / ← yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,392,785 | 0 | C | T | 98.1% | 2180.0 / NA | 643 | intergenic (‑72/+358) | tldD/yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); major base T (243/377); minor base G (2/10); total (246/397) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 644 total aligned reads displayed.
AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAC > NZ_CP025268/3392649‑3392921 | aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTTCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCa < 1:5999493/140‑1 (MQ=255)aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCa < 2:580825/140‑1 (MQ=255)aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCa < 2:6091508/140‑1 (MQ=255)aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCa < 1:4620617/140‑1 (MQ=255)aaCAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCa < 1:7698335/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTa < 1:7571990/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCAGCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGTTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGccga > 2:8288886/1‑138 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAAGTGGTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTGTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTa > 2:1919347/1‑140 (MQ=255) cTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACgg < 1:286782/140‑1 (MQ=255) aTGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCTTCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCGACCTACGGTTa > 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aGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGGAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGAt < 2:4011993/140‑1 (MQ=255) gCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATa < 2:1706865/140‑1 (MQ=255) gCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACGCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCTGGCTGGTTGGCCTgtgg > 2:100414/1‑137 (MQ=25) ttCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:2012831/140‑1 (MQ=255) ttCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCGACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:689504/140‑1 (MQ=255) cTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAAC‑GCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC‑GTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg < 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cggcgTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGcc < 2:5071326/140‑1 (MQ=255) ggcgTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCt > 1:850073/1‑140 (MQ=255) cgTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGGAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTgt > 2:3536241/1‑139 (MQ=255) gTGACC‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTCCCGGTTTGTCGGCCTGATACGCCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:4232654/140‑1 (MQ=14) gTGAAC‑GCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTGCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:1525428/140‑1 (MQ=255) gTGAAC‑GCCCTAGCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:8055572/140‑1 (MQ=255) acc‑GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAg < 1:3353536/138‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATATGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:3321554/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:7127505/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:6287082/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGGAAGCGCCGTATCCGACCTACGGGTATGGTCCGTTTGTAGGCCTGAGAAGACGca > 2:8975272/1‑140 (MQ=14) | AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAAC‑GCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAC > NZ_CP025268/3392649‑3392921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |