Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 4,449,815 | A→G | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 4,449,815 | 0 | A | G | 99.7% | 2341.1 / NA | 672 | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (379/291); minor base T (0/2); total (379/293) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 672 total aligned reads displayed.
CAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑A‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGT > NZ_CP025268/4449679‑4449951 | cAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCa > 2:4240049/1‑140 (MQ=255) gAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCg < 1:1049403/140‑1 (MQ=255) gAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCg < 1:1798801/140‑1 (MQ=255) aaaTACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGa > 2:8832927/1‑140 (MQ=255) aCGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGTCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAatat < 2:3130151/140‑1 (MQ=255) aCGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAatat < 1:868788/140‑1 (MQ=255) ggCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAGTAttt > 2:69781/1‑140 (MQ=255) ggCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATAttt > 1:569508/1‑140 (MQ=255) ggCGTGGGTATATCTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATAttt < 1:8401642/140‑1 (MQ=255) gCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTg > 1:2024406/1‑140 (MQ=255) cGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGt > 1:4132283/1‑140 (MQ=255) gggTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTa > 2:2084403/1‑140 (MQ=255) gggTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTa > 2:3399789/1‑140 (MQ=255) ggTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTAc > 1:5106892/1‑140 (MQ=255) tataTTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACgg < 2:6203929/140‑1 (MQ=255) tttGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGt > 1:6018392/1‑140 (MQ=255) tGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGttt < 1:5886674/140‑1 (MQ=255) aCTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTAc > 2:1415228/1‑140 (MQ=255) ctctATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACg > 1:4343318/1‑140 (MQ=255) tctATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGc > 2:5618271/1‑140 (MQ=255) ctATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGcc < 2:3976368/140‑1 (MQ=255) tataGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCca > 1:5418812/1‑140 (MQ=255) gCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGTCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTATTAGCAATGCGAATATTTGACTACGGCAGTTTACGCCacaaa < 2:1305794/140‑1 (MQ=255) acacTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCacaaacaa > 1:3323706/1‑140 (MQ=255) cacTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAg > 1:4063119/1‑140 (MQ=255) cacTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAg > 1:971912/1‑140 (MQ=255) cacTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAg > 2:6503227/1‑140 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 2:383640/1‑140 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 1:7304197/1‑140 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 1:5255600/1‑140 (MQ=255) cTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGc > 2:7551631/1‑140 (MQ=255) tCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCa < 1:7568465/140‑1 (MQ=255) cACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa > 1:8826733/1‑140 (MQ=255) cACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTATCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCaa > 2:5864111/1‑140 (MQ=255) acgttacgttATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAAc > 2:1993206/1‑140 (MQ=255) gttacgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAg > 1:9050115/1‑140 (MQ=255) ttacgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGt < 2:2808569/140‑1 (MQ=255) ttacgttaTCGCCGGAGTCCTAAGCTAGAACGGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCATGCACTGGAA‑TTGCTCTAACCGGTCGAGTTTTCGCAATGCGAATATGTGTCTACGGCAGTTTACGCCACACACAAGGCAACAGt < 2:8627168/140‑1 (MQ=255) acgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCa > 1:8192362/1‑140 (MQ=255) cgttaTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCAc > 1:2352330/1‑140 (MQ=255) aTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGa > 1:3655551/1‑140 (MQ=255) cGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATg > 2:9385425/1‑140 (MQ=255) cGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATg > 1:4552079/1‑140 (MQ=255) ccTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGAc < 1:42806/140‑1 (MQ=255) gATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCaa < 1:6630616/140‑1 (MQ=255) gATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCGGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCaa < 2:7017433/140‑1 (MQ=255) aTGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAAt > 2:8279406/1‑140 (MQ=255) aTGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAAt > 1:4927935/1‑140 (MQ=255) aTGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAAt > 1:2497265/1‑140 (MQ=255) tGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGACTATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATg > 2:5356433/1‑140 (MQ=255) aGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGt > 2:1122815/1‑140 (MQ=255) tataTCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTAc < 2:4034517/140‑1 (MQ=255) tatCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTg > 2:6258707/1‑140 (MQ=255) tatCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTg > 1:3851319/1‑140 (MQ=255) tatCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTg > 2:664245/1‑140 (MQ=255) cTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACACACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGc < 2:2705387/140‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTGTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGc < 2:9264565/140‑1 (MQ=255) tGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCg > 1:216079/1‑140 (MQ=255) ggAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGa > 1:2712161/1‑140 (MQ=255) gAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGAt > 2:4668435/1‑140 (MQ=255) aGCCGTTTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGAttt < 2:5051204/140‑1 (MQ=255) ccGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCa > 1:9151566/1‑140 (MQ=255) gtgtCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTTCTGGGCGATTTCAGt < 2:3626494/140‑1 (MQ=255) gtgtCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGt > 1:8523171/1‑140 (MQ=255) gtgtCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGt > 2:5207219/1‑140 (MQ=255) gtCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTAt < 1:7441418/140‑1 (MQ=255) gtgtAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 1:7837495/140‑1 (MQ=255) gtgtAGACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATa < 1:70016/140‑1 (MQ=255) gaGACCAGGAACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCTAGTTTTAGCAATTCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACt < 1:6744550/139‑1 (MQ=255) gACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAc < 2:7345358/140‑1 (MQ=255) gACCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAc < 1:6143771/140‑1 (MQ=255) aCCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAcc > 2:7177666/1‑140 (MQ=255) aCCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAcc > 1:3557252/1‑140 (MQ=255) aCCAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGAGTTCAGTATCGATAACTAcc > 1:34213/1‑140 (MQ=255) ccAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCa < 1:6356588/140‑1 (MQ=255) cAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg < 1:1723738/140‑1 (MQ=255) cAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg < 1:799337/140‑1 (MQ=255) cAGGCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg < 1:2911515/140‑1 (MQ=255) ggCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 2:794806/1‑140 (MQ=255) ggCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAACAGtt > 1:1530588/1‑140 (MQ=255) gCACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTg > 2:288854/1‑140 (MQ=255) gCACTGG‑ATTTGCTCTAACAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCCACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACGGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTg > 2:2470441/1‑140 (MQ=255) cACTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGt < 2:7778594/140‑1 (MQ=255) aCTGG‑ATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCACTGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 1:1157831/140‑1 (MQ=255) tggatttGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGtata > 2:4383182/6‑140 (MQ=255) ggatttGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATNTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAg > 1:6258354/5‑140 (MQ=255) gatttGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGc > 1:3140581/4‑140 (MQ=255) tttGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCt < 1:3751405/139‑1 (MQ=255) gCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTggg > 1:8271560/1‑140 (MQ=255) ctctATCAGTTCGAGTTTTTTCAATGCGAATTTTTGTCTTCGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGc < 1:7757757/140‑1 (MQ=255) tctATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGcc > 1:9362599/1‑140 (MQ=255) ttCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTa < 1:2283290/41‑1 (MQ=255) ttCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTa > 2:2283233/1‑41 (MQ=255) tCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAg > 1:68655/1‑140 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 2:4958514/140‑1 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 1:5500184/140‑1 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 2:1730860/140‑1 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 1:6516109/140‑1 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAAGGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 2:6829433/140‑1 (MQ=255) ttAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGATTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGACCAGTTACTGGGCGAGTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGTGCCACTATCCAGTCGAAga > 2:9143805/1‑139 (MQ=255) | CAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACTGG‑A‑TTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCAGT > NZ_CP025268/4449679‑4449951 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |