| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,768,801 | +G | pseudogene (23/1487 nt) | sufB ← | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,768,801 | 1 | . | G | 99.2% | 1647.8 / 4.1 | 477 | pseudogene (23/1487 nt) | sufB | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base G (244/229); total (245/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 500 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑A‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTC > NZ_CP025268/1768662‑1768930 | aCTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑a > 2:8801639/1‑140 (MQ=255) cTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑ag < 2:508543/140‑2 (MQ=255) cTCCGGCTCATTACCCTACGCCGAAAGTGCGCGCACCACCTCCTCGTTTATCCCCTGTGCCAGCTCATCGGTGGCGAACTGGGTGAAGACTCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTGTTGACCTCG‑TC‑ag < 2:5277834/140‑2 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑agt < 1:2996966/140‑3 (MQ=255) tCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑agt < 1:2033415/140‑3 (MQ=255) cGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCGGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑agttg > 1:8437830/1‑136 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑AGTTGCtt < 1:7779214/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑AGTTGCTTc < 1:1639565/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑AGTTGCTTc < 1:903551/140‑1 (MQ=255) tCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑AGTTGCTTc < 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1:3963867/1‑140 (MQ=255) gACATCG‑TC‑AGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTc > 2:2936250/1‑140 (MQ=255) | ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCG‑TC‑A‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTC > NZ_CP025268/1768662‑1768930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |