| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,293,160 | 0 | G | A | 68.4% | 170.6 / 92.9 | 140 | noncoding (55/132 nt) | CXP41_RS06840 | RtT sRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/25); new base A (13/67); total (29/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.48e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCT > NZ_CP025268/1293022‑1293286 | ttgaTTGCGGATTCGGTTGTGAGTTCAGGGACGTTTGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGGGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGGAGCGCGCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCttg > 2:5276669/4‑139 (MQ=11) gcttgagaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCa < 1:4498712/133‑1 (MQ=11) ttCAGGGACGTTTGAAAGTGCTGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCGTCGGGTCGTGGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGATCCTGGGTCGCTGCGTCTCATcggtcgcc > 2:4475160/1‑133 (MQ=11) tccttgACTTATGAAAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 2:9818035/135‑1 (MQ=11) tCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTTGCGCTAGAGTAGAACCATGGTCGAAGCATCTCATACTTCCCCg > 1:1916141/1‑140 (MQ=11) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:3026848/140‑1 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:7875812/140‑1 (MQ=255) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTAGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGc > 1:4756825/1‑140 (MQ=11) cAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCACGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTACCCGc > 1:8391441/1‑140 (MQ=11) tgtaCTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt < 2:3405381/137‑1 (MQ=11) gggACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt < 2:1674568/140‑1 (MQ=255) gACTTTTGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg < 1:9112660/140‑1 (MQ=255) atttttGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACGCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:7606575/138‑1 (MQ=11) aCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGTACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 2:578785/1‑140 (MQ=255) aCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:7035748/140‑1 (MQ=16) aCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:255078/140‑1 (MQ=16) ttttGTTAGTGATGGTGGTGGGGGATGGTTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:8985110/140‑1 (MQ=11) ttttGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 2:3533859/140‑1 (MQ=11) ttttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:5673622/140‑1 (MQ=12) ttttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:5226261/140‑1 (MQ=12) ttttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:3102284/140‑1 (MQ=12) ttttGAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTTCTGCGCGCTTCGCGCGTCGACCAGAGAGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 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cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGAAGCTTCTCAACCATCCCCGCATGGGCAGAAGATTTGATTGCGGATTCGCGTGAGAGATCAGGGa > 2:1019977/1‑140 (MQ=11) tGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCGTGTCAACCTTGCCCGCAGGGGCCGTAAATTTGTTTGCGGATTCGCGTGTGAGGTGAgggtcgt > 1:8464239/1‑136 (MQ=11) gcgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACttt < 2:8775042/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGTTTTCGGGTTCGCTTGAGAGGTCAGGGGCgttt > 2:5419117/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCACGACTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCCGACTATTTGATTGCGGATTAGAGTGGGAGTTCAGGGAAtttt > 2:7005655/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGTGAGTTCAGGGACtttt > 2:8157887/1‑140 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cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGATTTCAGGGTCTTTTGAAAGTg < 1:7802132/140‑1 (MQ=11) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCTGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg < 2:3312841/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAANGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGNCTTTTGAAAGTGa < 1:6261290/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 1:7794901/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 2:1287751/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTGGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGa < 2:1555308/140‑1 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(MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:6356549/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:1094489/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 2:5806084/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:9204058/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:8251673/140‑1 (MQ=255) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa < 1:2083422/140‑1 (MQ=255) cGGCAAAGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAACTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAtta > 2:1150629/1‑139 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGCGCCGCACCGTGGTCGAAGCGTCGCCTCCTTCCCCGCATTGGCAGAAGACATGATTCCGGATTCGATTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttact < 2:6569273/140‑4 (MQ=11) gCAACGCGCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGCCGCTTCGCCTCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGCTGGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGCCGTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGCAGGAttact < 2:5700337/140‑4 (MQ=11) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAttactcagc > 2:71322/1‑133 (MQ=255) | CCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCT > NZ_CP025268/1293022‑1293286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |