Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 66,448 | C→T | G35E (GGG→GAG) | araD ← | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 66,448 | 0 | C | T | 99.8% | 2152.2 / NA | 547 | G35E (GGG→GAG) | araD | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (246/300); minor base G (0/1); total (246/301) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 547 total aligned reads displayed.
GGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCCCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTA > NZ_CP025268/66311‑66584 | gggCGGGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGGACCTTCAACCACTTCACCGGTGTCGATGCGAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCaa < 2:8211968/139‑1 (MQ=38) ggCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAAc > 2:4944759/1‑140 (MQ=255) ggCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAAc > 2:55653/1‑140 (MQ=255) ggCGTGTCGGAGGAGGGCTTTGTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAAc < 1:5035072/140‑1 (MQ=255) 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ggCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGcc < 1:6158476/140‑1 (MQ=255) ggCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGcc < 1:2918925/140‑1 (MQ=255) ggCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGcc > 1:1839170/1‑140 (MQ=255) ggCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGcc < 1:2407424/140‑1 (MQ=255) gCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGccc > 2:2506751/1‑140 (MQ=255) tttCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCAtg < 1:4590140/140‑1 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cACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGt < 1:1163636/140‑1 (MQ=255) cACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTgtgt > 2:7259723/1‑140 (MQ=255) cACCGGATTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTgtgt > 1:988429/1‑140 (MQ=255) aCCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGtt > 1:3524189/1‑140 (MQ=255) gTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTgg < 1:1650274/140‑1 (MQ=255) tttCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGc < 1:9308612/140‑1 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2:9125390/140‑1 (MQ=255) tGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGAtcttct > 1:6003395/1‑140 (MQ=255) gTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTa > 1:9758526/1‑140 (MQ=255) gTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTa > 1:6857646/1‑140 (MQ=255) gTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGGGACCCGGTGGTGTGTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTa > 1:7600227/1‑140 (MQ=255) tAATCGACGCCGGTAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTACTACCTGGCGTTTGAGATCTTCTaa < 2:1577499/140‑1 (MQ=255) aaTCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAAc < 1:2198478/140‑1 (MQ=255) tCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACAt < 1:695334/140‑1 (MQ=255) tCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACAt < 1:8644389/140‑1 (MQ=255) aCGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGtt > 2:5939330/1‑140 (MQ=255) gCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGa > 2:1063675/1‑140 (MQ=255) cGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACt > 2:1489473/1‑140 (MQ=255) cGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACt > 2:829753/1‑140 (MQ=255) tttGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGt < 2:5413605/140‑1 (MQ=255) tttGATCACAAAGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGt > 2:2843789/1‑140 (MQ=255) cacacaGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCCTGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGa < 1:8294907/140‑1 (MQ=255) aaaGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGATTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATgc > 1:4875931/1‑140 (MQ=255) aGACGCCGCGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATgcgc < 2:9666902/140‑1 (MQ=255) cgccgcGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCttt > 1:9606689/1‑140 (MQ=255) ccgcGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTATCATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGc > 1:5683801/1‑140 (MQ=255) ccgcGCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTGGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCGATCATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGc > 2:5218717/1‑140 (MQ=255) cgcgCTCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGAc < 1:5215995/115‑1 (MQ=255) | GGTGAGTTGGCGTGTCGGAGGAGGGCTTTTTCGTACCTTCAACCACTTCACCGGTTTCGATGCTAACCACGACCATATCGTCAGCGGTCATGACGCTGTAATCGACGCCGGAAGGTTTGATCACAAAGACGCCGCGCCCGCGATCAACGGCGCTGACGTTGCCCCATGTGAGCGTGACCAGGTTGTGTTTTGGCAGCGCCAGGTTGGCTTCTAATACCTGGCGTTTGAGATCTTCTAACATGTTGACTCCTTCGTGCCGGATGCGCTTTGCTTA > NZ_CP025268/66311‑66584 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |