Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.8% | 2781.9 / NA | 800 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (481/316); minor base A (1/1); total (483/317) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 800 total aligned reads displayed.
AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581068‑581337 | cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTc > 2:9002872/1‑140 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:9813888/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 1:8166625/140‑1 (MQ=255) gAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGaa < 2:6229911/140‑1 (MQ=255) 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2:518970/1‑140 (MQ=255) gctgc‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGaa < 2:2200411/80‑1 (MQ=255) ctgc‑GGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAATATGACt > 1:67010/1‑140 (MQ=255) c‑GGTTGGATGCTATTTATTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTATGGTGTTTGAAAAGATGCCTTTc > 2:2614610/1‑140 (MQ=255) gttggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTg < 1:7021488/136‑1 (MQ=255) gttggATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTg > 1:6877886/5‑140 (MQ=255) | AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGC‑GGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTGT > NZ_CP025268/581068‑581337 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |