| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 150,778 | C→T | A3T (GCT→ACT) | yadC ← | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 150,778 | 0 | C | T | 99.9% | 5507.7 / NA | 1398 | A3T (GCT→ACT) | yadC | fimbrial tip‑adhesin YadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (952/442); minor base A (1/1); total (955/443) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1398 total aligned reads displayed.
AAAGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGCCTTCATTTTTACTCCAATGTTTCTTTATTGTTATGGTTTGCGCTGTTTTTGTTTGTTATTCGTAGTAAATATCCACTAACACATGGCTCATAAGTTGACCAGATGTAACACTCAATGCAGGATCGATTTTTTGCAT > NZ_CP025268/150641‑150914 | aaGGTCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCtt < 1:3441815/140‑1 (MQ=255) tCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtt > 2:351880/1‑140 (MQ=255) tCATCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAtt > 1:5795694/1‑140 (MQ=255) tCTGTGCGGCAGTGGAGGGGCCTCGATAGTTATCAACTCCTGCATTATTTCCCACAATAAAACTTGTATATGCACTGACTGTATTACAACAAGAATACAGTGCTAAAAAAAGAATGTACCTGAAGATAGTCTTCAttttt > 1:1818954/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |