Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,534,757 | A→G | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 → | RHS repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,534,757 | 0 | A | G | 99.3% | 2103.8 / ‑6.1 | 605 | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 | RHS repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (101/499); minor base T (0/4); total (101/504) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 605 total aligned reads displayed.
TGGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTT > NZ_CP025268/1534622‑1534885 | tttttCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACtt > 2:8995329/1‑140 (MQ=255) tttttCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACtt > 2:733185/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTc > 2:8754911/1‑140 (MQ=255) ccAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGTTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGCTTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAACCTTGTCAtttt < 2:5460898/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |