| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,626,362 | A→G | N71D (AAC→GAC) | ydeE → | efflux MFS transporter YdeE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,626,362 | 0 | A | G | 99.6% | 1861.1 / NA | 545 | N71D (AAC→GAC) | ydeE | efflux MFS transporter YdeE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (286/256); minor base T (2/0); total (289/256) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 547 total aligned reads displayed.
CTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCGT > NZ_CP025268/1626225‑1626498 | cGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAg < 1:663094/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:9345395/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:698487/140‑1 (MQ=255) gCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGa < 1:2636842/140‑1 (MQ=255) tGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGaaa < 2:3938978/140‑1 (MQ=255) ccATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACg < 1:5763049/140‑1 (MQ=255) ttATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCtat < 1:8376789/140‑1 (MQ=255) aTGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTatat < 1:8929404/140‑1 (MQ=255) aTGACCATTGACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTagat < 2:1215521/140‑1 (MQ=255) ccATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTa > 1:8493057/1‑140 (MQ=255) ccATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGACGATCTAATCGGTAATCCGATGACAATAGCGCTCGCTATTGGCGGCGTGTTTAGCCTCGGGGTGGGTAGCCTGGCGGAGTAGGTCGACTAGGTACGCTATATGtga > 2:7679877/1‑138 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 1:2970652/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 1:4482980/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTg > 2:843767/1‑140 (MQ=255) tttACTTGAGTCGCCAGTACAGCCGGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCGTCGGGTTTGGTCTCCTGGCGGATGAGTTCGTCACGAGACGCGATATGtttcgg > 2:4223551/1‑136 (MQ=255) ttGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAAt > 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(MQ=255) aCAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGcc < 2:3171922/140‑1 (MQ=255) aGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAg < 1:7841658/140‑1 (MQ=255) ccTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTTTCCACGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAATTTCGACCAGAAACCCAATATGTTACTTGCACATACCCCCATCGCCcgcg > 1:5549308/1‑140 (MQ=255) ccTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCg > 1:6086615/1‑140 (MQ=255) ccTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCg > 1:9583058/1‑140 (MQ=255) ccTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGGTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAAAGCTATATGTTACTGGCAAATACCGCCTTCGCCAGCg > 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1:1525749/140‑1 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 2:2804409/1‑140 (MQ=255) cGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACt > 1:431904/1‑140 (MQ=255) ggTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTg > 1:4432975/1‑140 (MQ=255) ggTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTg < 1:2898695/140‑1 (MQ=255) gaTCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTAtt < 1:8984990/139‑1 (MQ=255) tCCTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCt < 2:5053746/140‑1 (MQ=255) cTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGt > 1:1371420/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGt > 1:3391743/1‑140 (MQ=255) cTGGCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGt > 1:6345962/1‑140 (MQ=255) ggCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGttt > 2:1896912/1‑140 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt < 2:7995395/140‑1 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGtttt > 1:8300858/1‑140 (MQ=255) gCGGATAAGTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGGGCTCTGTTTTGCACTCATTATCTGGGCCTATTCTGtttt > 2:6671685/1‑140 (MQ=255) gTTCGACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCg < 1:6813194/140‑1 (MQ=255) | CTACGCTGCCATTTATGACCATTTACTTGAGTCGCCAGTACAGCCTGAGTGTCGATCTAATCGGTTATGCGATGACAATTGCGCTCACTATTGGCGTCGTTTTTAGCCTCGGTTTTGGTATCCTGGCGGATAAGTTCAACAAGAAACGCTATATGTTACTGGCAATTACCGCCTTCGCCAGCGGTTTTATTGCCATTACTTTAGTGAATAACGTGACGCTGGTTGTGCTCTTTTTTGCCCTCATTAACTGCGCCTATTCTGTTTTTGCTACCGT > NZ_CP025268/1626225‑1626498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |