| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,766,333 | A→G | C92R (TGT→CGT) | sufD ← | Fe‑S cluster assembly protein SufD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,766,333 | 0 | A | G | 99.9% | 2256.3 / NA | 648 | C92R (TGT→CGT) | sufD | Fe‑S cluster assembly protein SufD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (298/348); minor base T (0/1); total (298/350) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 648 total aligned reads displayed.
CACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACACCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTCA > NZ_CP025268/1766196‑1766469 | gCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCAt < 2:7965876/140‑1 (MQ=255) tttGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCg > 2:1150199/1‑140 (MQ=255) ttGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGa < 2:2867350/140‑1 (MQ=255) tgtgCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGAc > 1:6861221/1‑140 (MQ=255) gtgCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACa > 2:1839749/1‑140 (MQ=255) tgCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTGCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCAATCGACaa > 1:6046682/1‑140 (MQ=255) gCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCa > 2:6284280/1‑140 (MQ=255) gCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCa > 1:5416406/1‑140 (MQ=255) gCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCa > 2:9290561/1‑140 (MQ=255) cTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAg < 1:871906/140‑1 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acacTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGtt < 1:3329599/140‑1 (MQ=255) cacTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTa > 2:7358311/1‑140 (MQ=255) gCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTaa > 1:3008428/1‑140 (MQ=255) ccTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAg > 2:6501683/1‑140 (MQ=255) aaTAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCAt < 2:8835576/140‑1 (MQ=255) gCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACg < 2:5534085/140‑1 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1:4702749/1‑140 (MQ=255) gTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCtgt < 1:7390026/140‑1 (MQ=255) gTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCtgt < 1:4221369/140‑1 (MQ=255) gTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCtgt < 1:500123/140‑1 (MQ=255) aaCCCGGCCGGTCGTCGATACTGCTCACGTCCTATCCGCTGGCTTCCGTTGCATCGCTCAGTGAGGGCACTGATCGCGCATCGACACACACCAGCCTCACGGAGTCTAAATTTAAAGCTAAGGCATCACGCTGCTGTggg < 2:6077321/140‑1 (MQ=255) aCCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTgggg > 1:6904399/1‑140 (MQ=255) aCCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTgggg > 1:1050073/1‑140 (MQ=255) ccTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGat < 2:9103526/140‑1 (MQ=255) ccTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGat < 2:5257279/140‑1 (MQ=255) tGACGGTCGTCGATAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGatat < 2:3485138/140‑1 (MQ=255) gACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTGAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATAtc > 1:6263092/1‑140 (MQ=255) gACGGTCGTCATTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATAtc > 2:3389653/1‑140 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ttCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACt < 2:4684658/140‑1 (MQ=255) ttCATATCCGATGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACt > 1:969025/1‑140 (MQ=255) gCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTATCGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTTTTGa < 2:5140265/140‑1 (MQ=255) cTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCa < 1:3877098/90‑1 (MQ=255) cTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACaaa > 1:1344726/1‑128 (MQ=255) cTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGAt > 2:53586/1‑140 (MQ=255) 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tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 1:8087010/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 1:3505822/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 1:3147257/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc < 1:2413845/140‑1 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 1:2319760/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 2:9646118/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGGATATTTCCAGTTTTc > 1:2870389/1‑140 (MQ=255) tAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCNTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTc > 1:7148820/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTCa > 2:225120/1‑140 (MQ=255) | CACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACACCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTTCCAGCGGCGTATATTTCCAGTTTTCA > NZ_CP025268/1766196‑1766469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |