| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 183,450 | A→G | K386R (AAG→AGG) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 183,450 | 0 | A | G | 99.8% | 1806.1 / NA | 519 | K386R (AAG→AGG) | cdaR | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (281/237); minor base T (0/1); total (281/238) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 519 total aligned reads displayed.
TCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTTCAATCTCGCTGATCTT > NZ_CP025268/183314‑183586 | tCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGt < 2:7942577/140‑1 (MQ=255) cAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGtt < 1:4728010/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:9450136/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTAAATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGATCGGTAGGTTa < 2:6103521/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |