Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,482,126 | G→A | V82V (GTG→GTA) | dsdX → | D‑serine transporter DsdX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,482,126 | 0 | G | A | 99.3% | 2302.8 / NA | 596 | V82V (GTG→GTA) | dsdX | D‑serine transporter DsdX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (336/253); minor base C (3/1); total (341/255) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 597 total aligned reads displayed.
AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCTC > NZ_CP025268/2481989‑2482262 | cttcttCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCg > 1:2888026/1‑140 (MQ=255) cttcGTGGGATCGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAACTGCTATTGAAAGTTGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCgggg < 2:6251216/140‑1 (MQ=255) cGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCg < 2:4404282/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga < 2:8165289/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga < 2:1701121/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga > 1:8768594/1‑140 (MQ=255) ggCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCt < 2:2324444/140‑1 (MQ=255) cATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGa < 1:7090386/140‑1 (MQ=255) aTGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGac > 2:8882195/1‑140 (MQ=255) tGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGaca > 1:6232700/1‑140 (MQ=255) ggggCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGacac > 1:7864870/1‑140 (MQ=255) ggggCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGacac > 2:8530432/1‑140 (MQ=255) ggggCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGacac > 1:9800804/1‑140 (MQ=255) aCTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAAc > 2:2089907/1‑140 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg > 1:2043237/1‑140 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAGAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAGTGGTCTGACACTTCAACGCTggc > 2:7528306/1‑138 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 2:4732424/1‑140 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 2:872147/1‑140 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 1:4246068/1‑140 (MQ=255) tGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGc < 2:4884892/140‑1 (MQ=255) ggTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCt > 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aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 1:9642066/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 2:599870/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 2:9041208/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 2:5848939/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 2:3416419/1‑140 (MQ=255) tGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCttt < 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ttGAAAGGGGAATGGGCGGAACGCTGGGGTTCCACGCAGCG‑‑GTTAGCGGCCTTGGCACGATACTGGGAACCATGATGGACGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATAGGTCTGACGCTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGtt > 2:1851672/1‑140 (MQ=255) gtGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTCTCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAGTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGtt > 2:147343/2‑140 (MQ=255) gAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGa < 1:1429930/140‑1 (MQ=255) gAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGa < 2:6972999/140‑1 (MQ=255) aGTGGAATTGGCGGAACGCTTGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCTCAGAAAGAATTGGTCTGACACGTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGt > 2:2777593/1‑140 (MQ=255) aGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGt > 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aTCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCt < 1:5216227/140‑1 (MQ=255) aTCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCt < 2:388840/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCtgtttg < 1:1115091/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCtgtttg < 2:257495/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCtgtttg < 1:3105619/140‑1 (MQ=255) ccTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCtgtttg > 1:4435423/1‑140 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(MQ=255) gatgGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGa < 2:3713106/140‑1 (MQ=255) | AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCG‑‑GTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCTC > NZ_CP025268/2481989‑2482262 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |