Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 261,616 | A→G | H354R (CAT→CGT) | proA → | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 261,616 | 0 | A | G | 99.7% | 2697.4 / ‑1.8 | 774 | coding (1061/1254 nt) | proA | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (445/326); minor base . (2/0); total (448/326) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 774 total aligned reads displayed.
TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 | cGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTa < 1:241860/140‑1 (MQ=255) gATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTaa < 2:1470337/140‑1 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg > 1:5017811/1‑140 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg > 1:5945783/1‑140 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg > 1:216988/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGaa > 1:4638481/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGaa > 2:4897921/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGaa > 1:2854380/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGaa > 2:3652260/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGaa > 2:8601696/1‑140 (MQ=255) tCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTgg > 2:4072380/1‑140 (MQ=255) tCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTgg > 1:8278579/1‑140 (MQ=255) tGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGAt > 1:7472018/1‑140 (MQ=255) tGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGAt > 1:3868237/1‑140 (MQ=255) aTTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGGTCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGt > 1:4230811/1‑140 (MQ=255) ttagattagaACGTCAAAATCGTCTGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCTTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTc < 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aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 2:2985993/140‑1 (MQ=255) tGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGtt > 2:8009486/1‑140 (MQ=255) tGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGtt > 1:706219/1‑140 (MQ=255) tGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGtt > 2:522246/1‑140 (MQ=255) aaCGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATGCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTGTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTa > 1:1039157/1‑140 (MQ=255) tCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGtt > 2:2574239/1‑140 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aTCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcggcgg < 1:7946457/140‑1 (MQ=255) aTCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcggcgg < 1:9420173/140‑1 (MQ=255) tCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACACCACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGATTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACggcggc < 2:7889050/140‑1 (MQ=255) cccATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGAcggcgg > 1:811965/1‑136 (MQ=255) ccATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGt < 2:1772588/140‑1 (MQ=255) ttCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGt < 1:2645872/140‑1 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aCCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCa < 2:5292741/140‑1 (MQ=255) aCCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCa > 2:9031854/1‑140 (MQ=255) aCCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCa < 1:2972191/140‑1 (MQ=255) ccGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcg < 2:815183/140‑1 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACTGCGGCCAGTATGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCAAcgcgc > 1:6931879/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGTGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAATCTCCAcgcgc > 1:5220534/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGACGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:1944434/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:7689432/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 1:5591495/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:5609879/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:4388393/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:4258404/1‑140 (MQ=255) gATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgcg < 1:8857098/140‑1 (MQ=255) tGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGc > 1:2027543/1‑140 (MQ=255) tGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGc > 2:7236304/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCAGCGTTTTGTTATCGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGTCGGTAAGCACTCAAAATCTCCACGCGCGTGGCCCAAt < 2:2703375/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCAGCGTTTTGTTACCGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTGTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAAt < 2:9463033/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAAt < 1:9557160/140‑1 (MQ=255) gCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATggg < 2:1124487/140‑1 (MQ=255) gCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATggg < 1:3376726/140‑1 (MQ=255) ccAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGc < 2:7491938/140‑1 (MQ=255) | TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |