| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,096,538 | C→T | A283T (GCA→ACA) | yggR ← | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,096,538 | 0 | C | T | 99.5% | 2114.4 / NA | 543 | A283T (GCA→ACA) | yggR | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (299/239); minor base G (3/0); total (302/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 557 total aligned reads displayed.
CGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096402‑3096674 | gTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTa > 1:1719916/1‑140 (MQ=255) tCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTaa > 2:2274184/1‑140 (MQ=255) caAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCa > 1:4089274/1‑140 (MQ=255) aaaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAg < 2:5991101/140‑1 (MQ=255) aaaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAg < 1:3228020/140‑1 (MQ=255) aaCGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCTGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTCATCAGc < 2:3443827/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAAt < 1:5629413/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAAt < 2:4855292/140‑1 (MQ=255) cccACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAg < 1:7876608/140‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGGTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCGTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCa < 2:8701448/140‑1 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2:6464471/140‑1 (MQ=255) aaTTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGcc < 2:1760867/140‑1 (MQ=255) aTTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCg > 2:7185411/1‑140 (MQ=255) cACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATg > 2:2925930/1‑140 (MQ=255) cgcgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAAt < 2:8034536/140‑1 (MQ=255) gcgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTg > 1:3772824/1‑94 (MQ=255) cgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGt > 2:7806079/1‑38 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc < 2:2080147/140‑1 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc < 2:2794113/140‑1 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc > 2:6291439/1‑140 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAAGAGCGCCCCGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc < 1:8500955/140‑1 (MQ=255) | CGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096402‑3096674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |