Predicted mutation | ||||||
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CXP41_RS16620 → CXP41_RS16625 → |
IS3‑like element IS2 family transposase fimbrial biogenesis outer membrane usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,188,101 | 0 | A | G | 99.6% | 1770.0 / NA | 534 | *410* (TAA→TAG) R6G (AGG→GGG) | CXP41_RS16620 CXP41_RS16625 | IS3‑like element IS2 family transposase fimbrial biogenesis outer membrane usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (299/231); minor base T (1/1); total (301/233) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
TGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAAGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAACGTTAACCTTTCCCAATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAA > NZ_CP025268/3187975‑3188237 | tGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGGAATGGGTTAAGTGATAACAGATGGCTGGAAAGATAGGGGCAAATCCAGt > 2:6273071/1‑140 (MQ=2) cAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTa > 1:9154928/1‑140 (MQ=17) cAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTa < 1:4205754/140‑1 (MQ=17) gagGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatc < 1:8494280/140‑1 (MQ=18) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |