| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,392,785 | C→T | intergenic (‑72/+358) | tldD ← / ← yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,392,785 | 0 | C | T | 98.0% | 2234.7 / NA | 670 | intergenic (‑72/+358) | tldD/yhdP | metalloprotease TldD/AsmA2 domain‑containing protein YhdP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/6); major base T (229/415); minor base A (2/11); total (231/439) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 670 total aligned reads displayed.
AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAC > NZ_CP025268/3392649‑3392921 | cAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGc < 2:7539423/140‑1 (MQ=255) aaGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGcc < 2:4338619/140‑1 (MQ=255) aGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCt > 1:6946290/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTa < 2:1288033/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTa < 2:7474802/140‑1 (MQ=255) cTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACgg < 2:3086148/140‑1 (MQ=255) gATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGtt < 1:958865/140‑1 (MQ=255) gTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCCATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCCTCGTTTTTGCTACTCGTTCGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATg > 2:7298654/1‑140 (MQ=255) ttCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGtt < 1:9811092/140‑1 (MQ=255) tCAGGCCGTTCGCCGCTAGCACTTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTGTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTc > 1:8081788/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCTGCCTACGGTTATGTTc > 1:5418125/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTc > 1:835367/1‑140 (MQ=255) tCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTc > 1:4385865/1‑140 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAATACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 1:1469263/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 2:5768894/140‑1 (MQ=255) aGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGGAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCg < 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ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt < 1:317380/140‑1 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGt > 1:9478937/1‑140 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGttttt > 2:5516433/1‑138 (MQ=255) tCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTACGACTCAACGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTa < 2:7759941/140‑1 (MQ=255) gccgcTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACACATCGTTTGTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGTATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAgg < 2:1505190/140‑1 (MQ=255) ccgcGAGCAATTGGTCACTTACCCGGTGAAGACGCATCGTTTTTTCTACTCGTGAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTGACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGGTCCGGTTTGTAGGc < 2:6879259/140‑1 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tGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTATTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGAt > 2:9264359/1‑140 (MQ=255) cTACTCGTTATTTACTGCAGTCGAGTATTTTTTCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAACCAGCCTAGGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTTATACGACGCAAAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc < 1:2685672/140‑1 (MQ=18) cTACACGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGTTGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTACCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgc < 1:2337938/140‑1 (MQ=21) tACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcg < 1:5993854/140‑1 (MQ=255) gtttgttaCTGCAGTAGTGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTa < 1:1545051/140‑1 (MQ=18) gttatttaCTGCTGTAGAGGATTTTTTAAGGCTGCCGGATGAGGCGTGAACGCCATATACAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCATCGGCTGTCGGATGCGGCGTa < 2:6144060/140‑1 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ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTCGGCCGGATAAGACGCACCGCGTCGCAACAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 1:6468025/140‑1 (MQ=17) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 2:8203861/140‑1 (MQ=255) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa > 2:6549166/1‑140 (MQ=255) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAACCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 1:865614/140‑1 (MQ=255) ggATTTTTTACGGCGGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 1:1377031/140‑1 (MQ=255) gATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:4071731/1‑140 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg > 1:3341650/1‑140 (MQ=255) ttttttACGGCGGCCGGTTGGGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACgg < 1:6209351/140‑1 (MQ=17) ttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 1:8837771/140‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 1:678671/140‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 1:1010845/140‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:9725862/140‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTCTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:6666719/140‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:5923540/140‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:1218417/140‑1 (MQ=255) cTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCTGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTctg > 2:9830682/1‑138 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGt > 1:1811412/1‑140 (MQ=255) ccGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt > 2:3276505/1‑140 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 2:4796764/140‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 2:4689449/140‑1 (MQ=255) ggcggcgTTACCGCCCTCTCCCGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTTATAAGACGCACAGCGCCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg < 1:2100996/139‑1 (MQ=14) gcggcgTTAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGCTCCGTTTGTAGGc < 1:9181341/140‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAGCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGcc > 1:7403478/1‑140 (MQ=255) gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAGCAGGCAACGGCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTg > 2:5218666/1‑140 (MQ=255) cgTGAACGNCCTATGCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGGCTGATAAGACGCANAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCGTCTCAGACCTACGGTTATGTTCCGGATGTAggacaga > 1:6331940/1‑135 (MQ=14) gTGAACGCCCTATCCAGCTTACGGTTATGTTGCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCTTCAGGCAACGGCTGTGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTTCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 2:5428913/140‑1 (MQ=14) ccTATCCAGCCTACGTTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:2570757/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:196156/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:8551431/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca > 1:3741906/1‑140 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:7253156/140‑1 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 2:1027769/140‑1 (MQ=255) | AACAAGTCCTGATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAC > NZ_CP025268/3392649‑3392921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |