| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,922,869 | T→C | *80* (TAA→TAG) | atpE ← | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,922,869 | 0 | T | C | 99.9% | 2403.4 / NA | 689 | *80* (TAA→TAG) | atpE | F0F1 ATP synthase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (321/367); minor base A (1/0); total (322/367) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 695 total aligned reads displayed.
ATACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTATTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTGACGCGCTGCGCCTTCCAG > NZ_CP025268/3922732‑3923003 | tACGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTtactac > 1:9025234/1‑140 (MQ=255) aCGTACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGACGGCCTGGCCGAGGAGTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCACTATGTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTAcg < 1:4907179/140‑1 (MQ=255) tACTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGa < 1:1819571/140‑1 (MQ=255) aCTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGAc < 2:7004390/140‑1 (MQ=255) aCTTCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGAc > 1:286336/1‑140 (MQ=255) ttCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCGTCTAGTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTGTAAATAATCGCAACGCTTACTACGCGACAg > 2:6075001/1‑140 (MQ=255) ttCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAg > 1:9258970/1‑140 (MQ=255) tCATGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGc < 1:9860148/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGATCGATCAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:7726947/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAGCAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:2049542/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:1561095/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:7602243/140‑1 (MQ=255) aTGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 2:7313387/140‑1 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGac > 2:8817928/1‑139 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 1:2360215/1‑140 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 2:8950946/1‑140 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 1:4224932/1‑140 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGaa > 1:4419622/1‑140 (MQ=255) tGCAGAACAGAACGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGA‑TCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAAc > 1:2241746/1‑140 (MQ=255) aacagaacGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCa > 1:6688680/1‑140 (MQ=255) aacagaacGAACAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCa < 1:4680411/140‑1 (MQ=255) gaacgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTa < 1:3383620/140‑1 (MQ=255) aacgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAc > 1:2676728/1‑140 (MQ=255) aacgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAc > 2:467513/1‑140 (MQ=255) acgaacAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAca < 2:1564112/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc < 1:554975/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc > 2:2970955/1‑140 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2:5560902/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGAGGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCTACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc < 1:7474904/140‑1 (MQ=255) acAGGACAAACGCGACGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacc < 1:1006311/140‑1 (MQ=255) ggACAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacccag > 2:3624173/1‑140 (MQ=255) aCAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTGcagacccagac > 2:7191519/1‑140 (MQ=255) aCAAACGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTAcagacccagac > 2:1924757/1‑140 (MQ=255) aaCGCGATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTa > 1:6777568/1‑140 (MQ=255) gATGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCAAGTACAGACCCAGACCTACAGCg < 2:2780189/140‑1 (MQ=255) aTGGCCTGGCCGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACCATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTGAACTAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGa > 2:6793301/1‑140 (MQ=255) gcctggccGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGatca < 1:9597305/140‑1 (MQ=255) cctggccGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCTACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGatcat < 1:3263338/140‑1 (MQ=255) cctggccGAGGATTGTTGCGTTAAGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGatcat < 1:3133699/140‑1 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aGATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCa > 1:7332416/1‑140 (MQ=255) gATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCAt < 2:4335184/140‑1 (MQ=255) gATTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCAt < 2:9543336/140‑1 (MQ=255) aTTCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATa > 1:5798064/1‑140 (MQ=255) ttCACAGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCTCCAGACCCATaa < 2:6477900/140‑1 (MQ=255) cacaGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGa < 1:6033511/78‑1 (MQ=255) caGCACAATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGAt < 2:2266503/140‑1 (MQ=255) cacaATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATaaa < 1:7180096/140‑1 (MQ=255) cacaATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATaaa > 2:4143155/1‑140 (MQ=255) acaATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAg < 2:3358525/140‑1 (MQ=255) acaATGACTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAATCAACGCTTACTTCGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAg < 2:9388074/140‑1 (MQ=255) caATGCCTCTATTTAGTTAACGTTCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGa < 2:5467799/140‑1 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ttCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAat < 2:9119431/140‑1 (MQ=255) ttCTGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAat < 2:1819050/140‑1 (MQ=255) tGATATTGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAatcag < 1:3543301/140‑1 (MQ=255) tGCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAgg < 1:7070736/140‑1 (MQ=255) gCTCTTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGt > 2:8742562/1‑140 (MQ=255) tctTTAAATAAAAGCAACGCTTACTACGCGACAGCGAACATCACGTACAGACCCAGACCTACAGCGATCATCGGGATAGCATCCACCAGACCCATAACGATAAAGAACTGAGTACGCAGCAGAGGAATCAGATCAGGTTg < 2:5627483/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |