| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 4,304,165 | G→A | T280I (ACC→ATC) | mdtO ← | multidrug efflux transporter permease subunit MdtO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,304,165 | 0 | G | A | 99.3% | 2301.5 / NA | 590 | T280I (ACC→ATC) | mdtO | multidrug efflux transporter permease subunit MdtO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (295/290); minor base C (3/1); total (299/291) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 590 total aligned reads displayed.
CATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGGTTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCG > NZ_CP025268/4304029‑4304301 | tCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt > 2:1503690/1‑140 (MQ=255) cTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTg < 2:2967750/140‑1 (MQ=255) gACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGaa > 2:5426279/1‑140 (MQ=255) aCCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAg > 2:1265029/1‑140 (MQ=255) cccAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATGTCTGAAGc > 1:5322894/1‑140 (MQ=255) cccAGTTGTAACAACGACTGGCCGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCGTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGc > 2:719077/1‑140 (MQ=255) gTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAt > 2:7049175/1‑140 (MQ=255) acaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGt > 2:8582781/1‑140 (MQ=255) acaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGt < 1:1740467/140‑1 (MQ=255) acaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGAACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTgtgt > 2:8321597/1‑140 (MQ=255) aacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCg < 2:3624080/140‑1 (MQ=255) aacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCg < 1:6773253/140‑1 (MQ=255) acGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCgg > 1:158556/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCTCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTAGGaa > 2:3034161/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCCTGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGaa > 2:6772962/1‑140 (MQ=255) gTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGaa > 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atatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCaataat < 1:1016606/140‑1 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAAtt > 2:1648873/1‑140 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAAtt > 2:1992637/1‑140 (MQ=255) tatTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAAtt < 1:605096/140‑1 (MQ=255) atTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTg > 1:3967783/1‑140 (MQ=255) ttCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGc < 2:4322438/140‑1 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aCCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATGTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGGCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGCTTCAGCGGCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGc > 2:1002891/1‑140 (MQ=255) ccTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCa > 2:3185477/1‑140 (MQ=255) cAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCtt > 1:9674166/1‑140 (MQ=255) cAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGc > 1:3049890/1‑140 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCGTGTTGCTTTCTGTAGCTAATTTTTGTCGGAGTTCAATATTTGCCTGCGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGAGGCAGCGTCGAGTGATGGTAGGGTACCGGTGCCTCGCAGCTTTGcca > 2:5116362/1‑140 (MQ=255) cGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGANGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccac < 1:6297452/140‑1 (MQ=255) cGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccac > 1:7982824/1‑140 (MQ=255) gCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccacca < 1:7442836/140‑1 (MQ=255) cATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTGTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGCTCGGAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTAGCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACGAt > 2:9207426/1‑140 (MQ=255) tgctgcAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGc > 1:8427196/1‑140 (MQ=255) cAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCACAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtttt > 2:3445220/1‑140 (MQ=255) cAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTCGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtttg > 2:2538431/1‑139 (MQ=255) gttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTc > 2:4245663/1‑140 (MQ=255) ttgATTTCTGATGCTTATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGTGAATAAGCAAATGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTTGAGTAAATGTAGGTTTCCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg < 2:7712946/140‑1 (MQ=255) ttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg < 2:2389122/140‑1 (MQ=255) ttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg < 2:4054687/140‑1 (MQ=255) | CATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGGTTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCG > NZ_CP025268/4304029‑4304301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |