Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 436,157 | A→G | *173* (TAA→TAG) | pgpA → | phosphatidylglycerophosphatase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 436,157 | 0 | A | G | 99.8% | 1519.2 / NA | 440 | *173* (TAA→TAG) | pgpA | phosphatidylglycerophosphatase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (244/195); minor base T (1/0); total (245/195) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
CCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAATTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCACCG > NZ_CP025268/436020‑436293 | ccGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGtt < 1:8775482/140‑1 (MQ=255) tGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTtgtg > 1:6381696/1‑140 (MQ=255) tGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTtgtg > 2:3239326/1‑140 (MQ=255) ggCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGc > 1:3042630/1‑140 (MQ=255) ggCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGc > 2:3652465/1‑140 (MQ=255) cGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCAcc < 1:7611533/140‑1 (MQ=255) cGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCAcc < 2:1751214/140‑1 (MQ=255) gATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCg < 2:5307997/140‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGa > 2:2261163/1‑140 (MQ=255) tCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGAt > 2:3110667/1‑140 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cATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGt < 1:6774105/140‑1 (MQ=255) cATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGt > 1:9734820/1‑140 (MQ=255) cATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGt > 1:2375706/1‑140 (MQ=255) cATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGt < 1:1677451/140‑1 (MQ=255) cATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTAGTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCGTGTCACGt > 2:8482632/1‑140 (MQ=255) gcggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtca > 2:4883119/1‑140 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1:5451127/140‑1 (MQ=255) cggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat < 1:3210472/140‑1 (MQ=255) cggcATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat < 1:7259565/140‑1 (MQ=255) cATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat > 1:4539675/1‑137 (MQ=255) cATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAg > 2:4578167/1‑140 (MQ=255) cATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAg > 1:6658691/1‑140 (MQ=255) cATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAg > 1:2655158/1‑140 (MQ=255) cATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAg > 1:1777933/1‑140 (MQ=255) ggATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTg > 2:9732954/1‑140 (MQ=255) aTCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGa > 1:1514035/1‑140 (MQ=255) cATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGAct < 1:1910429/140‑1 (MQ=255) aTGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGActc < 1:6952417/140‑1 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tccGGGGTGATGTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCTATGTGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTAATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCATACGAc > 2:9310616/2‑140 (MQ=255) gCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGAc > 2:581260/1‑140 (MQ=255) gCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGAc > 1:2041824/1‑140 (MQ=255) ccGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACa < 1:4441438/140‑1 (MQ=255) ccGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTATATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGGGCACCGATTCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGTACTCTTATTTAAATCCTACGagt > 2:7532304/1‑138 (MQ=255) ggggTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAgg > 2:4519128/1‑140 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(MQ=255) cGGTCATCACTTGCCGCTGGGTCTTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCAAGTCTGATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACTACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCaa > 2:3764083/1‑140 (MQ=255) gTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGa < 2:2697170/102‑1 (MQ=255) gTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATc > 2:7027423/1‑140 (MQ=255) gTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATc > 2:8362869/1‑140 (MQ=255) gTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTGTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATc > 1:6204233/1‑140 (MQ=255) gTCATCACTGGCCGCGGGGTCTTCTGACGTAGTAGAGCACCCATGCCTCATCTGACGCTAGTCACCTCACATCAGGACAGGACTCTTATATAAATCCAACGACAGGAAGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATc > 2:6933286/1‑140 (MQ=255) catcaCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCtcat > 1:487861/1‑70 (MQ=255) catcaCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTg > 1:9332162/1‑140 (MQ=255) caCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTc < 1:3719731/140‑1 (MQ=255) caCTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTc < 1:5073151/140‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCt > 2:1493189/1‑140 (MQ=255) gCTGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCa < 1:4752551/140‑1 (MQ=255) cTGGGTATTCTGTCGAAGATTTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACTTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGTATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaa > 2:516412/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 2:5076650/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 2:2348651/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa < 2:9210334/140‑1 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 1:7229712/1‑140 (MQ=255) tGGGTATTCTGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCaaa > 1:8310714/1‑140 (MQ=255) gttcttCGGTCGGAGTTGTGCACCGATGCCAGATGTGACGCTTGTCACGGCGCCTCAGGCCTGGACTCTTATTGAAATCCTACGACAGGATGCGGTGTAGACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGt < 2:8088378/136‑1 (MQ=255) tGTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATcc > 1:3468107/1‑140 (MQ=255) gTCGTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCa < 1:7158268/140‑1 (MQ=255) gTAGTTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCACcg < 1:7448341/140‑1 (MQ=255) | CCGTGGCCGATCCGCTGGTTTGATCGCAATGTGCATGGCGGCATGGGGATCATGATCGACGATATTGTCGCCGGGGTGATTTCCGCAGGCATCCTGTATTTTATCGGTCATCACTGGCCGCTGGGTATTCTGTCGTAATTGTGCACCGATGCCTGATGTGACGCTTGTCACGTCTCATCAGGCCTGGACTCTTATTTAAATCCTACGACAGGATGCGGTTTATACGGCGTTTCCAGTTCGGCAATCTGTTCCGGCTTCAAAGTGATATCCACCG > NZ_CP025268/436020‑436293 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |