Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,717,337 | (C)7→6 | intergenic (+361/‑251) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,717,331 | 0 | C | . | 99.7% | 7009.3 / 7.8 | 1460 | intergenic (+355/‑257) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide permease DtpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/5); new base . (735/717); total (737/723) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1592 total aligned reads displayed.
GAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCC‑CTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGAAA > NZ_CP025268/1717192‑1717466 | aaTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcc < 2:1916548/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCNCTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcccc < 1:10632412/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcccc < 1:10014127/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCAcccc < 1:296690/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |