Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,764,495 | (C)6→5 | pseudogene (844/1222 nt) | sufS ← | cysteine desulfurase SufS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,764,490 | 0 | C | . | 99.1% | 3083.4 / 14.7 | 648 | pseudogene (849/1222 nt) | sufS | cysteine desulfurase SufS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (289/352); minor base G (1/5); total (291/357) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 749 total aligned reads displayed.
TTGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTTTC > NZ_CP025268/1764351‑1764625 | ttGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGc < 1:8865496/140‑1 (MQ=255) gtgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGccc < 2:5090907/140‑1 (MQ=255) gtgGGCCAGAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAACACCAATGATGccc < 1:10749867/140‑1 (MQ=255) tgGGCCTTAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATATCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGcccc < 2:1451264/140‑1 (MQ=255) tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGcccc > 1:6433348/1‑140 (MQ=255) tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGcccc < 2:4340489/140‑1 (MQ=255) tgGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGcccc < 2:8775262/140‑1 (MQ=255) gggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGccccc < 1:731591/140‑1 (MQ=255) gggCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGccccc < 1:2252554/140‑1 (MQ=255) cATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCCGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGcccccggta < 2:2962012/140‑5 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atgatg‑CCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCttt > 1:3956325/1‑140 (MQ=255) | TTGTGGGCCATAGAGAGTGAGATCCGGTACAGATTCCAGCTGTGATAGCGCATAATGCATCAGATTCTGTTCATACTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCTGACGGTGGCGATCATAGAACCGCCCCCTTCCCACGGCGGCATCTCCTGCAACAAGGCTTCTTTC > NZ_CP025268/1764351‑1764625 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |