Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 3,103,344 | (C)8→7 | pseudogene (585/721 nt) | yggN ← | DUF2884 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,103,337 | 0 | C | . | 98.4% | 1801.6 / 14.3 | 382 | pseudogene (592/721 nt) | yggN | DUF2884 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/5); new base . (135/241); total (136/246) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 435 total aligned reads displayed.
AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 | agagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccc < 2:7937328/140‑1 (MQ=255) agagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccc < 1:11451200/140‑1 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:3164496/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:5901318/1‑140 (MQ=255) 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ccGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAtt < 1:3948329/140‑1 (MQ=255) ccGACCAGGGCATTGCGGCTAGCTTCCAGCGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAACCTGCAGGCAATCATTTT‑CCTGCTATTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACAtt < 2:11417332/140‑1 (MQ=255) cGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTc < 1:514083/140‑1 (MQ=255) aGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTaa < 1:11063052/140‑1 (MQ=255) aGGGCTTTGCAGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTaa < 1:4101935/140‑1 (MQ=255) ggCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATg > 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cgGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATAGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgc > 1:8197398/1‑140 (MQ=255) ggCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGCAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTACACTCGGTTTGGATGGAGGATAGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCAAATTCTGTAATGGGTTACCGCCGATTTTCAGCACCGATTTcgcg < 2:709587/140‑1 (MQ=255) ggCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgcg < 1:2397311/140‑1 (MQ=255) ggCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgcg < 1:5326125/140‑1 (MQ=255) ggCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgcg < 2:9746694/140‑1 (MQ=255) ggCTACAAACATCTTGGCCAAACTGCTGGAAATCTTTGT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTcgcg < 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1:8015671/140‑1 (MQ=255) cTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGAGTCACTa > 1:10121327/1‑140 (MQ=255) tCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTaa > 1:7611870/1‑140 (MQ=255) tCGGTTAGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGATTCACAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTCAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTaa > 2:4714596/1‑140 (MQ=255) gcGGTTTGGAATGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTaa < 1:10328637/139‑1 (MQ=255) ttGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCt < 1:1751355/140‑1 (MQ=255) 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1:6543662/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:5438399/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:8825480/140‑1 (MQ=255) | AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTT‑CCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |