Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,768,801 | +G | pseudogene (23/1487 nt) | sufB ← | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,768,801 | 1 | . | G | 99.3% | 1996.0 / 3.3 | 582 | pseudogene (23/1487 nt) | sufB | Fe‑S cluster assembly protein SufB |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 619 total aligned reads displayed.
ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCA‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGTG > NZ_CP025268/1768662‑1768934 | gccGGCTCAGTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATACAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagt < 2:4174086/139‑3 (MQ=255) ggCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCANGTTTTGACATCGTCagttgc < 1:6047577/140‑6 (MQ=255) ggCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCagttgc < 1:8816904/140‑6 (MQ=255) cTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCtt < 2:4313295/140‑1 (MQ=255) 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aacttGCGCGCACCACCTCTTCGATTATCCCCATTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGGTGCTTCAGTATTACGAGACATa < 2:5916401/137‑1 (MQ=255) ttGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTa < 2:11369965/140‑1 (MQ=255) ttGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTa < 1:10322641/140‑1 (MQ=255) tGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTAc < 2:226345/140‑1 (MQ=255) tGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTAc < 2:293082/140‑1 (MQ=255) gcgcgcACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATACTTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTAcc < 2:7752781/140‑1 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aTTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGAtt < 1:1390652/140‑1 (MQ=255) ttCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTa > 1:3803149/1‑140 (MQ=255) ttCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACACTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTa > 1:7442921/1‑140 (MQ=255) cAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACa > 1:2546887/1‑56 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAATGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 2:8335352/1‑140 (MQ=255) aGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGt > 2:2870286/1‑140 (MQ=255) gCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTc < 1:1910020/140‑1 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGt < 2:52864/57‑1 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGACATTTGAATATCTGATTAAGTcc > 2:11110605/1‑140 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTcc > 1:10061355/1‑140 (MQ=255) cGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGACACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATTTCTGATTAAGTcc > 2:6433258/1‑140 (MQ=255) cgccgGTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCac > 2:8727249/1‑140 (MQ=255) gTCCAGGTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCacgaacg < 2:7680772/140‑1 (MQ=255) gTTTTGACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCg < 1:10617932/140‑1 (MQ=255) gACATCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACTAAATCGACTTc > 2:9388147/1‑140 (MQ=255) aTCGTCAGTTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCCTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGt < 2:719577/140‑1 (MQ=255) | ACTCCGGCTCATTACGCTTCGCCGAAATTGCGCGCACCACCTCTTCGTTTATCCCCTTTGCCAGCTCATCGGTGGCTAACTGGGTGAAGAATCCTTCTTTATAATTCAGCGGGCCGCCGGTCCAGGTTTTGACATCGTCA‑TTGCTTCAGTATTACGAGACATAGTACCGCTTATACCCCAAAGCTTTCGCCACAGCCACATTCATTCTGGGCTTTAGGGTTGTGAAATTTGAATATCTGATTAAGTCCTTCACGAACGAAATCGACTTCCGTG > NZ_CP025268/1768662‑1768934 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |