| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,033,768 | (C)5→6 | pseudogene (190/920 nt) | yedA → | drug/metabolite exporter YedA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,033,763 | 1 | . | C | 96.7% | 2120.3 / 57.5 | 631 | pseudogene (185/920 nt) | yedA | drug/metabolite exporter YedA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/10); new base C (282/325); total (296/335) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 676 total aligned reads displayed.
TTGTATATCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCC > NZ_CP025268/2033624‑2033897 | tataTCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑c‑cc < 1:8816040/140‑1 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTAGATTCCTGGAAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑c‑cc‑c > 2:9371504/1‑140 (MQ=255) atatCATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGATCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑c‑cc‑c > 2:6987130/1‑140 (MQ=255) cATTTGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑c‑cc‑c‑ccgc > 1:4173685/1‑137 (MQ=255) tttGGGGCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACT‑‑c‑cc‑c‑ccgcta > 1:6380862/1‑135 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:1981617/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:4886792/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:5362528/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:3130322/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:22546/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 2:2230355/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 2:3588152/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 1:7072193/1‑140 (MQ=255) ggggCTCAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTAGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGt > 2:678446/1‑140 (MQ=255) 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cAACCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCgctg > 2:6395852/1‑140 (MQ=255) aaCCTATTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCCGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTCCTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCgctgg > 2:737764/1‑139 (MQ=255) aTTTTGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAAt > 1:7816550/1‑140 (MQ=255) ttttGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATg < 1:1788599/140‑1 (MQ=255) ttttGTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATCCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATg < 1:3347504/140‑1 (MQ=255) gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc < 1:8230293/140‑1 (MQ=255) gTCATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCcgc > 1:2047952/1‑140 (MQ=255) cATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 1:4568862/1‑140 (MQ=255) cATTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTATTTTATTGCTGGCATTTTTGCTACTGCGCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCgcgc > 1:11278427/1‑140 (MQ=255) aTTCGGATTGGCGTGGAAAGCTGGCCTCCGTTAATGATGGCGGGCGTTCGATTCCTGGCAGCCGGTAGTATATTGCTTGCATTTTTGCTACTGCTCGGACACAAACTC‑C‑CC‑C‑CGCAACGAACGCTGCTCAATGCCGCGCt > 2:6482575/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |