Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,292,991 | 0 | C | T | 60.2% | 241.6 / inf | 324 | noncoding (46/132 nt) | CXP41_RS06835 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/95); new base T (99/90); total (138/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTT > NZ_CP025268/1292852‑1293126 | gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 2:8531095/140‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 2:5706182/140‑1 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa < 1:1999259/140‑1 (MQ=255) tttttGATTGCTGATTCGTTTGAGTATTGCTGTTCTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAcc < 1:10083234/138‑1 (MQ=14) ttGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCttg > 2:10878773/1‑139 (MQ=255) ttGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAccatg > 1:6791229/1‑137 (MQ=11) tGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGAGGCAACGATCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTag > 1:10301913/1‑139 (MQ=11) gATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCttggt > 1:2332297/1‑137 (MQ=255) aTTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCAGCGGCAACCCTCTCACGCAGTCGCTCGAGACGAAccattgtc > 1:8859202/1‑134 (MQ=14) ttcGGAGTCGTTTGAGTATTCCGGGTCTTATGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:6143714/138‑1 (MQ=14) tGCTGAGTCGTTTGAGAATTCCTGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:3502289/140‑1 (MQ=14) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGCCGAAACTTAGTCGa > 1:10840166/1‑140 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:9179180/140‑1 (MQ=255) tGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCATGAGGCAACGGTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAAACTTGGTCGa > 2:1218456/1‑140 (MQ=11) gaggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGATCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:6790743/138‑1 (MQ=255) gCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGCAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGGTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGCGCCGAACCTTAGTCGaa < 2:9453288/140‑1 (MQ=14) gCGGATTCGCTTGAGATTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGaa < 1:7068983/140‑1 (MQ=11) gCGGAGTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:5607032/140‑1 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCGCGAGCCGAACCATAGTCGAAg > 1:8440795/1‑140 (MQ=255) ggATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGc < 1:9598055/140‑1 (MQ=255) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:4063752/124‑1 (MQ=255) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg > 2:4063752/1‑124 (MQ=255) gATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:7591452/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc < 2:6514381/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc < 1:10760311/140‑1 (MQ=255) gtgtGAGATGTCAGGGGCTTTTGATAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCa < 1:6614098/137‑1 (MQ=11) tttGAGGATTCCGGGGCTTTTGTAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:553587/139‑1 (MQ=255) tttGAGCATTCCGGGGCTTTAGACAGTGATGGGGGGGGGGGAAGGATTACTCCGCGCGGCGCGCGTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGCGCCGAACCTTAGTCGACGCTtctcct < 2:3798994/139‑3 (MQ=14) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:1592705/139‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:10200062/139‑1 (MQ=255) tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 2:2420664/139‑1 (MQ=255) tCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCGTAGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCg > 2:2067952/1‑140 (MQ=255) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:3289798/140‑1 (MQ=25) gCTTTAGCAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:7335037/140‑1 (MQ=255) ttttGCAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCTGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:578473/140‑1 (MQ=12) ttttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:3629652/140‑1 (MQ=17) gtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGACAGCCGCAACGCTCTCTCCCAGACGCTCGAGCCGAACCTTACTACAAGCATATCATACTTCCCCGCATGGGCCCGATATTTTATTGCGGa > 1:7272616/1‑140 (MQ=11) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGa < 1:7024673/140‑1 (MQ=255) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:10900660/111‑1 (MQ=17) gATGACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGa < 1:9770393/140‑1 (MQ=11) aTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCACGCTGGCGCTCGATTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTGAAATGCGGAGTCGTGGGGac > 2:9098869/1‑139 (MQ=11) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑c > 2:10497063/1‑140 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAggg < 2:3995432/140‑1 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCCACGCTCTCTCGCTGGCGCTAGAGTCGCACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCCGCATATTTAATTGCGGATTCGGTGGGAAGTT‑CAGGGa > 2:4768802/1‑140 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGATGCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGGAGAATATTTACTTGCGGAGTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGa > 2:233428/1‑140 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGa > 2:9606501/1‑140 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGa > 2:4676196/1‑140 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGa < 1:8988084/140‑1 (MQ=255) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCCTCCCCGCAATGGCCGAATATTTAAGTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑GAgggc > 2:8764766/1‑139 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGACTATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGGT‑CAGGGa > 2:3279537/1‑140 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAAGGGCAGAAAATTTTATTGAGGATTCGTTGGGAAGTT‑AAGGGa > 2:1543506/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGTAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGGCGAATATTTAATTGGGGGGTCGGTGGGGAGGT‑CAggggagttt > 1:3896032/1‑134 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACtttt > 2:10643260/1‑140 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACtttt < 1:8116318/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACtttt < 1:7622945/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACtttt < 2:1352497/140‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATACCCCCATGGGCCGAATATTTAATTGCGGTGTCGGTGGGAAGTT‑CAGGGTCgttt > 1:8633734/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGACTATTTTATTGCGGATTCGGTGGGGAGTT‑CAGGGACtttt > 2:7754903/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGACTGCGGCCACGCTCTCACGCTGGCGCTCAAGTCGAACCGTGGGCGTAGCTTATCAACCTTACCCGCAAGGGCAGAATATTTAATTGCGGGTTCGTTTGGAAGTTACAGGGaagtc > 2:5135341/1‑136 (MQ=2) gcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTg < 2:4440266/140‑1 (MQ=255) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCAGCGGCACCGCGCGCTCGCTGGCGCTCGAGTCGCACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTGCCCCGCATGGGCAGAATATTTAAGTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGaa < 1:9874595/140‑1 (MQ=14) cTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGaaa < 2:9791257/140‑1 (MQ=255) ttCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGATCCTTGGTCGAAGGTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGTATATTTAATTGCGGATTGGGTGGGAAGTT‑GAGGGTGTGTTGaatg > 1:10376308/1‑138 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cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGAT < 1:10947106‑M1/140‑1 (MQ=255) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGAT < 1:4771253‑M1/140‑1 (MQ=255) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGAT < 1:5381221‑M1/140‑1 (MQ=255) ttCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGT < 1:10643261‑M1/140‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTGGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCCGAATAATGAATTGCGGAGTCGGTGGGCAGTG‑CAGGGACTTTTGCAAGTGAtggtg > 2:5917387/1‑140 (MQ=11) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCCCGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG < 1:9463417‑M1/140‑1 (MQ=255) cGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGG < 2:7690055‑M1/140‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACGTTTGAAAGTGATGGTGGTGG > 1:10578835‑M1/1‑140 (MQ=255) gTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGCGGCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAAACTTCCCCGCAAGGGCAGAATATTGAATTGCGGATTCGGTTGGTAGTT‑AAGGGACTTTTGAAAGTGAtgggggggg > 1:9136552/1‑140 (MQ=11) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG < 2:10578629‑M1/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAA < 1:2574306‑M1/140‑1 (MQ=255) tGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCTAGTCGAACATTGGTAGAAACTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCTTTGGTAATTT‑CAGGGACTAGTGAAAGTGATGTGGGTGTGGGAAgggt > 2:1919942/1‑138 (MQ=11) gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGGAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcga < 2:6042581‑M1/140‑4 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTGAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaacct > 2:10784204‑M1/1‑133 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTg > 1:1344989/1‑113 (MQ=11) tctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGACGGATTcgaaccttcgaa > 2:3341352‑M1/1‑128 (MQ=255) tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGAATATGTCATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTGTTGACAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagt > 2:5176704‑M1/1‑126 (MQ=255) tggcgctCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAGTCGTGGGGAAGTT‑CAGGGAGTTTTGAAGGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgatccttcgaagtcgat > 2:6756408‑M1/4‑122 (MQ=255) ggcgcTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTGGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAACGTGATGGTGGTGGGGGACGGATTcgaaccttcgaagtcgaag > 2:11069824‑M1/3‑121 (MQ=255) ggcgcTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAATATTGAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGGAAGGGATGGTGGTGGGGGCCGGCTTcgaaccggcgaagtcgctg > 1:11144305‑M1/3‑121 (MQ=255) gcgCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGACGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga > 1:11302693‑M1/2‑120 (MQ=255) gcgCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGCAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga > 1:7836950‑M1/2‑120 (MQ=255) gcgCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga > 1:5217315‑M1/2‑120 (MQ=255) gcgCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatga > 1:4450210‑M1/2‑120 (MQ=255) cGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgac < 2:7928204‑M1/140‑22 (MQ=255) gCTCGAGTCGAACCTGGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAAGTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGCCTTTTGAAAGTGAGGGTGGGGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacg > 2:8314621‑M1/1‑118 (MQ=255) gCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGA > 1:378993‑M1/1‑112 (MQ=255) cTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg > 2:7224090‑M1/1‑117 (MQ=255) cTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCGTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCAGCATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAATTT‑CAGTGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg < 1:8226427‑M1/140‑24 (MQ=255) cTCCAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacgg < 1:11371897‑M1/140‑24 (MQ=255) cGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaagtcgatgacggca < 2:10254840‑M1/140‑26 (MQ=255) | GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTT‑CAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTT > NZ_CP025268/1292852‑1293126 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |